Thèse soutenue

Investigation du microbiote duodénojéjunal dans l'obésité humaine

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Auteur / Autrice : Emilie Steinbach
Direction : Karine ClémentChristine Poitou-BernertTiphaine Le RoyLaurent Genser
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie intégrée
Date : Soutenance le 29/09/2023
Etablissement(s) : Sorbonne université
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Physiologie, Physiopathologie et Thérapeutique (Paris ; 2000-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Nutrition et obésités (approches systémiques) (Paris)
Jury : Président / Présidente : Harry Sokol
Examinateurs / Examinatrices : Gabriel Perlemuter, Benoit Chassaing
Rapporteur / Rapporteuse : Julie-Anne Nazare

Mots clés

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Résumé

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Le microbiome intestinal est reconnu comme un acteur important dans le développement et le maintien de l'obésité. La plupart des études dans ce domaine se sont concentrées sur le microbiote fécal (FM) en raison de son accessibilité. Des modifications de sa composition et de ses fonctions ont été identifiées dans l'obésité. Cependant, la partie supérieure de l'intestin grêle est un site majeur pour la détection et l'absorption des nutriments, ainsi qu'un site important pour le contrôle de la prise alimentaire et de l'homéostasie glucidique, entre autres. Peu d'études ont examiné le microbiome de l'intestin grêle proximal (USIM) chez l’humain. Mon hypothèse de thèse est que l'USIM est un acteur important de la détérioration métabolique dans l'obésité humaine et qu'il est significativement distinct des autres niches microbiennes (telles que les fèces et la salive). J’ai mené un projet de recherche clinique sur 30 participants appariés selon l'âge et le sexe, atteints (N=15) ou non (N=15) d'obésité sévère. Le liquide duodénojéjunal (DJF) a été obtenu par aspiration au cours d'une fibroscopie. Le phénotypage comprenait des variables cliniques liées au statut métabolique, au mode de vie et aux facteurs psychosociaux à l'aide de questionnaires validés. Les analyses métagénomiques du microbiome oral (OM), de l'USIM et du FM, ainsi que les données métabolomiques de l'USIM et du FM ont été intégrées aux données cliniques et du mode de vie. Les résultats montrent i) une composition clairement différente de l'USIM par rapport au FM; ii) des associations entre l'USIM et le mode de vie ainsi que les phénotypes cliniques. Il est intéressant de noter que ces associations semblent avoir une taille d'effet plus importante que les associations entre ces variables et la FM ; iii) une signature différentielle dans l'USIM entre le groupe de participants souffrant d'obésité sévère et le groupe de contrôle avec, notamment, l'identification de deux taxons modifiés entre les groupes. Ces deux espèces bactériennes candidates sont associées aux phénotypes biologiques. Au total, les résultats suggèrent des différences significatives dans l'USIM entre les groupes avec ou sans obésité, ainsi que des associations pertinentes avec les phénotypes cliniques et les modes de vie des participants. Cette recherche ouvre la voie à l'étude de deux taxons spécifiquement altérés entre nos groupes de participants en utilisant des modèles ex-vivo et murins et pourrait conduire au développement de traitements innovants pour les maladies métaboliques.