Méthodes d'analyses protéomiques quantitatives pour la découverte et validation de biomarqueurs circulants : application aux maladies hépatiques

Quantitative proteomic analysis methods for the discovery and validation of circulating biomarkers : application to liver diseases

• Auteur / Autrice : David Pérez Compte
• Direction : Virginie Brun, Michel Jaquinod, Michel Jaquinod
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biotechnologie
• Date : Soutenance le 19/10/2023
• Etablissement(s) : Université Grenoble Alpes
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale chimie et science du vivant (Grenoble ; 199.-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire Biosciences et bioingénierie pour la santé (Grenoble, Isère, France ; 2022-....)
• Jury : Président / Présidente : Marie-Pierre Bousquet
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Thomas Decaens
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Marie-Pierre Bousquet, Jean Armengaud

Mots clés

Mots clés contrôlés

Maladie du foie gras non-alcoolique (NAFLD)

Marqueurs biologiques

Protéomique

Isotopes

Mots clés libres

Protéomique

Nafld

Quantification

Fibrose

Biomarqueur

Foie

Proteomics

Nafld

Quantification

Fibrosis

Biomarker

Liver

Résumé

L’objectif était de développer et mettre en application des méthodes de quantification de protéines. Premièrement, des biomarqueurs plasmatiques pour la fibrose ont été découverts et validés chez des patients atteints de MASLD, une maladie hépatique métabolique touchant 25% de la population mondiale et dont le test diagnostic de référence possède de nombreux inconvénients. L‘ALS et la LG3BP ont été validés sur deux cohortes indépendantes puis ont été introduites dans un panel basé sur le FibroTest. Le deuxième projet consistait à optimiser les quantifications absolues en LC-MS basées sur l’utilisation de standards isotopiquement alourdis (PSAQ). L’originalité du PSAQ+1 consistait à introduire une protéine assimilée à la protéine endogène qui contient uniquement un 13C dans les arginines et lysines avant une analyse LC-MS/MS. Les résultats ont montré qu’une seule fenêtre de masse est nécessaire pour quantifier la protéine légère et marquée. Cette technique pourrait apporter plus de spécificité, sensibilité et précision lors des quantifications absolues par LC-MS/MS utilisant des standards isotopiques.

The aim was to develop and apply protein quantification methods. Firstly, plasma biomarkers for fibrosis were discovered and validated in patients with MASLD, a metabolic liver disease affecting 25% of the world's population, for which the reference diagnostic test has a number of drawbacks. ALS and LG3BP were validated in two independent cohorts and then introduced into a panel based on FibroTest. The second project involved optimising absolute LC-MS quantifications based on the use of isotopically-labelled standards (PSAQ). The originality of PSAQ+1 consisted in introducing a protein assimilated to the endogenous protein that contains only one 13C in the arginines and lysines prior to LC-MS/MS analysis. The results showed that a single mass window was required to quantify the light and labelled protein. This technique could provide greater specificity, sensitivity and precision for absolute quantification by LC-MS/MS using isotopic standards.