Infections nosocomiales et résistance aux antibiotiques chez les bacilles à GRAM négatifs : étude de cohorte multicentrique dans les hôpitaux libanais

Hospital-acquired infections and antibiotic resistance in GRAM negative bacilli : study of a multicenter cohort in lebanese hospitals

• Auteur / Autrice : Roula Matta
• Direction : Anne-Marie Rogues, Pascale Salameh
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Santé publique Option Epidémiologie
• Date : Soutenance le 21/12/2023
• Etablissement(s) : Bordeaux
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sociétés, politique, santé publique (Talence, Gironde ; 2011-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Bordeaux population Health
• Jury : Président / Présidente : Louis-Rachid Salmi
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Véronique Dubois, Fadwa Berri, Hiam Khoury Hanna
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-Ralph Zahar, Pierre Abi Hanna

Mots clés

Mots clés contrôlés

Infections bactériennes à Gram négatif

Résistance bactérienne aux médicaments

Résistance aux antibiotiques

Infections nosocomiales

Liban

Hôpitaux

Mots clés libres

Infections nosocomiales

Résistance aux antibiotiques

Céfotaxime

Ciprofloxacine

Gentamicine

Imipénème

Méropénème

Bacilles à Gram négatif

Antibiotic resistance

Nosocomial infections

Cefotaxime

Ciprofloxacin

Gentamicin

Imipenem

Meropenem

Gram-negative bacilli

Résumé

Les infections nosocomiales et la résistance bactérienne aux antibiotiques sont répandues au niveau mondial avec une prévalence plus élevée dans les pays en développement aux ressources limitées dont le Liban. Au Liban, les données épidémiologiques sur la résistance chez les bactéries à Gram négatif aux antibiotiques de dernier recours dans les hôpitaux et sur les infections nosocomiales sont rares. Objectifs : Nous avons conduit trois travaux visant à répondre aux objectifs suivants : une première étude pour identifier et comparer les différentes bactéries identifiées dans les infections communautaires et les infections nosocomiales, en mettant l'accent sur les comorbidités et les facteurs sociodémographiques associés. Puis deux études ciblant la résistance aux antibiotiques de dernier recours chez les bacilles à Gram négatif afin d’en décrire l’épidémiologie et d’identifier les caractéristiques des patients associées à cette résistance. La mortalité chez les patients porteurs d’un bacille à Gram négatif résistant aux carbapénèmes a été analysée. Méthodes. Le premier travail a consisté en une étude de cohorte rétrospective, multicentrique, menée dans cinq hôpitaux. Les données ont été recueillies à l'aide d'une fiche standardisée (données démographiques : genre et âge, maladies sous-jacentes et type d’infection acquise). Les deux autres études ont reposé sur une étude de cohorte prospective à partir d’une base de données constituée dans neuf hôpitaux libanais entre 2016-2017 (caractéristiques des patients, variables liées à l’hospitalisation et variables liées aux caractéristiques de l’infection). Les données ont été collectées et traitées avec Statistical Package for the Social Sciences SPSS, version 24. Des régressions logistiques ont été utilisées pour définir le profil des patients pour chaque type de résistance (céphalosporines de 3° génération- C3G, fluoroquinolones, aminosides, carbapénémes) observées chez les bacilles à Gram négatif (entérobactérales, Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannii). Une analyse de sensibilité basée sur les résultats extrêmes des valeurs manquantes relatives à la sensibilité des bactéries a permis de prendre en compte les données manquantes et de fournir des résultats robustes. Résultats. La première étude a montré l’importance des bacilles à Gram négatif résistants aux antibiotiques au sein des infections nosocomiales mais aussi des infections communautaires avec deux facteurs indépendants de l’acquisition d’une infection nosocomiale : âge avancé et état d'immunosuppression. Les deux autres études ont montré des pourcentages de résistances élevées chez les bacilles à Gram négatif ciblés et ont permis d’établir différents profils de patients pour chaque type de résistance. Par exemple, pour Escherichia coli, la résistance aux C3G était associée à une admission antérieure à l’hôpital et à la présence d’une sonde urinaire. De la même façon, la résistance aux carbapénèmes chez les bacilles à Gram négatif était associée aux patients chirurgicaux, à la présence d’une sonde urinaire ainsi qu’à une infection pulmonaire ou du site opératoire. Concernant la mortalité globale, le modèle proportionnel de Cox a montré que la résistance aux carbapénèmes était associée à une différence significative en termes de survie hospitalière chez les patients porteurs de bacilles à Gram négatif non fermentants par rapport aux bactéries sensibles. Conclusions. Nous avons rapporté la résistance aux antibiotiques de derniers recours chez les entérobactérales (E. coli et entérobactérales non- E. coli) et les bacilles à Gram négatif non fermentants identifiées dans des hôpitaux libanais où les données épidémiologiques sont rares. La description des profils de patients porteurs de ces souches bactériennes résistantes permettra aux cliniciens de prescrire une antibiothérapie probabiliste adaptée.

Hospital-acquired infections and bacterial resistance to antibiotics are widespread worldwide, with a higher prevalence in developing countries with limited resources, including Lebanon. In Lebanon, epidemiological data on resistance among Gram-negative bacteria to antibiotics of last resort in hospitals and on nosocomial infections are scarce. Aims: We conducted three studies to meet the following objectives: a first study to identify and compare the different bacteria identified in communityacquired infections and nosocomial infections, focusing on associated co-morbidities and sociodemographic factors. This was followed by two studies targeting resistance to last-resort antibiotics in Gram-negative bacilli, in order to describe the epidemiology and identify patient characteristics associated with this resistance. Mortality in patients with Gram-negative bacilli resistant to carbapenems was analyzed. Methods. The first study was a retrospective, multicenter cohort study conducted in five hospitals. Data were collected using a standardized form (demographic data: gender and age, underlying diseases and type of acquired infection). The other two studies were based on a prospective cohort study using a database compiled in nine Lebanese hospitals between 2016 and 2017 (patient characteristics, variables related to hospitalization and variables related to the characteristics of the infection). Data were collected and processed using Statistical Package for the Social Sciences SPSS version 24. Logistic regressions were used to define the profile of patients for each type of resistance (3rd generation cephalosporins-3GC, fluoroquinolones, aminoglycosides, carbapenem) observed in Gram-negative bacilli (Enterobacteria, Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii). A sensitivity analysis based on the extreme results of the missing values for bacterial sensitivity was used to take account of the missing data and provide robust results. Results. The first study showed the importance of Gram-negative bacilli resistant to antibiotics in both hospital and community-acquired infections, with two independent factors in the acquisition of a nosocomial infection: advanced age and immunosuppression. The other two studies showed high percentages of resistance in the targeted Gram-negative bacilli and established different patient profiles for each type of resistance. For example, in Escherichia coli, resistance to 3GC was associated with previous hospital admission and the presence of a urinary catheter. Similarly, resistance to carbapenems in Gram-negative bacilli was associated with surgical patients, the presence of a urinary catheter, and pulmonary or surgical site infection. In terms of overall mortality, the Cox proportional model showed that carbapenem resistance was associated with a significant difference in hospital survival in patients with nonfermenting gram-negative bacilli compared with susceptible bacteria. Conclusions. We report on resistance to antibiotics of last resort in enterobacteria (E. coli and Non-E. coli enterobacterales) and non-fermenting Gram-negative bacilli identified in Lebanese hospitals, where epidemiological data are scarce. Describing the profiles of patients carrying these resistant bacterial strains will enable clinicians to prescribe appropriate probabilistic antibiotic therapy.