Rôle du complexe de jonction exon-exon (EJC) dans l'épissage de l'ARN pré-messager du gène DMD et dans la différenciation myogénique.
Auteur / Autrice : | Dylan Da cunha |
Direction : | Sylvie Tuffery-Giraud |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie Santé |
Date : | Soutenance le 13/12/2022 |
Etablissement(s) : | Université de Montpellier (2022-....) |
Ecole(s) doctorale(s) : | Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Physiologie & médecine expérimentale du cœur et des muscles (Montpellier) |
Jury : | Président / Présidente : Michel Koenig |
Examinateurs / Examinatrices : Hervé Le Hir | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Cyrille Vaillend, Fabrice Lejeune |
Résumé
L’épissage alternatif des gènes chez les eucaryotes est un mécanisme finement régulé qui permet d’augmenter la complexité du protéome et de diversifier les fonctions cellulaires. Dans les gènes humains, la reconnaissance des sites authentiques d’épissage par le spliceosome est rendue difficile en raison du nombre élevé d’exons et de la présence d’introns de grande taille comme observé dans le gène DMD long de 2.2 mégabases et contenant 79 exons. S’ajoutant aux séquences cis et facteurs trans déjà connus, il a récemment été décrit que le complexe de jonction exon-exon (EJC) contribue au maintien de l’intégrité du transcriptome. Le dépôt du complexe composé de quatre protéines cœur, (eIF4A3, Y14, Magoh et MLN51), 24 nucléotides en amont de chaque jonction exon-exon réprime notamment la survenue d’évènements de ré-épissage indésirables. Durant ma thèse, j’ai étudié le rôle de l’EJC dans l’épissage de l’isoforme musculaire (Dp427m) du gène DMD qui inclut les 79 exons et de l’isoforme ubiquitaire courte (Dp71) alternativement épissée dans le cerveau, en utilisant des approches d’ARNi et de RNA-Seq ciblée dans des lignées cellulaires humaines. Nous montrons que la diminution du niveau d’expression des facteurs de l’EJC dérégule l’épissage des exons 68 à 78 de la région 3’ des transcrits de manière similaire dans les deux isoformes et que les complexes associés ASAP/PSAP participent au contrôle de l’épissage des exons 71 et 78 dont l’inclusion est hautement régulée en fonction des tissus et/ou du stade de développement. Par ailleurs, nous rapportons que la diminution d’expression d’eIF4A3 empêche l’engagement de la différentiation des myoblastes en myotubes. Ainsi, nos données établissent que l’EJC contribue à la fidélité de l’épissage des exons codant pour le domaine C-terminal de la dystrophine, un domaine d’interaction protéine-protéine essentiel pour les fonctions de soutien et de signalisation de la dystrophine, et joue également un rôle dans la différenciation myogénique.