Thèse soutenue

Caractérisation de la production métabolique de biofilms marins. : Vers une application à l'étude de biofilms complexes in situ

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Auteur / Autrice : Nathan Carriot
Direction : Gérald CulioliAnnick Ortalo-Magné
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Chimie
Date : Soutenance le 04/02/2022
Etablissement(s) : Toulon
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Mer et Sciences (Toulon ; 2012-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire Matériaux Polymères Interfaces Environnement Marin (La Garde, Var ; 2008-....)
Jury : Président / Présidente : Nathalie Dupuy
Examinateurs / Examinatrices : Valérie Michotey, Jean Armengaud
Rapporteurs / Rapporteuses : Samuel Bertrand, Claire Prigent-Combaret

Résumé

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Le phénomène de biofouling est un processus naturel qui impacte toutes les surfaces immergées en milieu marin engendrant des problèmes économiques et écologiques majeurs à l’échelle planétaire. Il est notamment induit par la formation de biofilms marins correspondant à la colonisation des surfaces immergées par des bactéries s’organisant en communautés en s’entourant d’une matrice de substances polymériques extracellulaires (EPS). L’objectif de ce travail est l’utilisation et le développement de méthodologies permettant l’étude et la compréhension de l’étape précurseur de ce phénomène. La corrélation des données récoltées à partir des méthodes appliquées (métabolomique et réseau moléculaire, protéomique, dosages colorimétriques, microscopies, spectroscopies) permet une approche multi-échelles pour la caractérisation des biofilms. Ces développements visent, en premier lieu, à caractériser la production biochimique globale de biofilms in vitro pour ensuite analyser des biofilms naturels formés in situ. L’utilisation de ce large panel de techniques a permis de répondre à certaines questions scientifiques comme l’impact des nutriments (phosphates), d’une enzyme (quorum sensing) ou de l’hydrodynamisme sur la nature de biofilms formés.