Approche intégrée du contrôle des strongyloses gastro-intestinales chez les ovins en région Nouvelle-Aquitaine

Integrated approach to the control of gastrointestinal strongyloses in sheep in the Nouvele-Aquitaine region

• Auteur / Autrice : Lea Bordes
• Direction : Philippe Jacquiet, Christelle Grisez
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Infectiologie, Physiopathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition
• Date : Soutenance le 27/06/2022
• Etablissement(s) : Toulouse 3
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (Toulouse)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Interactions Hôtes - Agents Pathogènes (Toulouse ; 2003-....)
• Jury : Président / Présidente : Alexis Valentin
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Anne Boudsocq-Silvestre, Christophe Chartier

Mots clés

Mots clés contrôlés

Maladies de l'appareil digestif

Ovis

Strongyloses

Mots clés libres

Haemonchus contortus

Sélection génétique

Ovins

Eimeria spp

Cryptosporidium spp

Alicaments

Haemonchus contortus

Genetic selection

Sheep

Eimeria spp

Cryptosporidium spp

Pharmafood

Résumé

Les strongyloses gastro-intestinales provoquent des pertes économiques importantes en élevage ovin et leur maîtrise par des traitements anthelminthiques est de plus en plus compliquée. Le premier objectif de ces travaux de thèse était d'évaluer l'efficacité de certains antiparasitaires en élevage. Une espèce de strongle gastro-intestinal, Haemonchus contortus, est maintenant résistante à l'éprinomectine dans le bassin ovin laitier Ossau-Iraty. De plus, les premiers défauts d'efficacité du diclazuril sur Eimeria crandallis ont été caractérisés en ovin allaitant en France. Face à l'émergence de multirésistance aux traitements chimiques, des solutions alternatives doivent être mises en place. Le second objectif de thèse était de poursuivre les travaux de sélection génétique de la résistance des ovins aux strongles gastro-intestinaux. La sélection génétique sur phénotypage de béliers en race Manech Tête Rousse, Basco- Béarnaise et Rouge de l'Ouest a été poursuivie. Dans les races ovines laitières (Manech Tête Rousse et Basco- Béarnaise) des Pyrénées, les corrélations génétiques entre caractère de résistance et caractère de production sont le plus souvent défavorables, de manière plus accentuée en race Basco-Béarnaise qu'en race Manech Tête Rousse. Toutefois la co-sélection reste possible, même si le progrès génétique laitier sera ralenti. En race Rouge de l'Ouest, l'optimisation du protocole de phénotypage a été réalisée de façon à ce que son impact sur le protocole d'évaluation des aptitudes bouchères, réalisé de manière concomitante, soit le plus limité possible. Après avoir sélectionné des béliers plus résistants à ces parasites, le troisième objectif était de s'assurer qu'il n'y avait pas de sensibilité accrue à des protozoaires digestifs et que l'effet de la sélection sur les pères était bien retrouvé chez leurs filles en élevage et ce, dans des systèmes d'élevages variés. Des agnelles Manech Tête Rousse, issues de pères indexés sur le caractère de résistance aux strongles gastro-intestinaux, ont été suivies pendant leurs quatre premiers mois de vie. La sélection génétique de la résistance aux strongles gastro-intestinaux n'influence pas les infections asymptomatiques naturelles à Cryptosporidium spp. ni les intensités d'excrétions d'oocystes d'Eimeria spp. Les proportions des espèces d'Eimeria pathogènes (E. ovinoidalis et E. crandallis) sont également identiques quel que soit le statut du père. Des brebis de race Manech Tête Rousse et Basco-Béarnaise, issues de béliers indexés sur le caractère de résistance aux strongles gastro-intestinaux, ont été suivies sur un an et demi au pâturage. En Manech Tête Rousse, l'effet de l'index du père a été retrouvé au printemps où les brebis issues de pères résistants excrétaient moins d'œufs de strongles gastro-intestinaux que les brebis issues de pères sensibles. Lorsque H. contortus est présent en majorité dans l'helminthofaune, les proportions de cette espèce sont généralement plus faibles chez les brebis issues de béliers résistants. Enfin, le dernier objectif de cette thèse était d'évaluer l'intérêt d'un alicament à base de plantes riches en tanin condensé (sainfoin et québracho) en élevage en suivant les recommandations du fabricant. L'alicament, bien que pratique dans son utilisation, n'a pas entrainé de diminution de l'intensité d'excrétion d'œufs de strongles gastro- intestinaux en comparaison d'un lot témoin. De plus, le coût de cet alicament est actuellement au moins le double d'un traitement anthelminthique. Ces travaux de thèse ont permis la poursuite de travaux sur les alternatives de lutte aux strongyloses gastro- intestinales chez les ovins. Ils ont également servi de base à d'autres projets de recherches et à du transfert technologique aux professionnels de la filière ovine en région Nouvelle Aquitaine.

Gastrointestinal strongylosis causes important economic loss in sheep production and its control by anthelmintic treatments is increasingly complicated. The first objective of this thesis was to evaluate the efficiency of some antiparasitic molecules in sheep farms. A species of gastrointestinal nematode, Haemonchus contortus, is now resistant to eprinomectin in the Ossau-Iraty dairy sheep aera. In addition, the first losses of efficacy of diclazuril on Eimeria crandallis have been characterized in meat sheep farms in France. Faced with the emergence of multiresistance to chemical treatments, alternative solutions must be implemented. The second objective of the thesis was to continue the genetic selection of sheep resistance to gastrointestinal strongyles. The genetic selection on phenotyping of rams in Manech Tête Rousse, Basco-Béarnaise and Rouge de l'Ouest breeds was continued. In the dairy sheep breeds (Manech Tête Rousse and Basco-Béarnaise) of the Pyrénées, the genetic correlations between resistance and production traits are most often unfavorable, more so in the Basco- Béarnaise breed than in the Manech Tête Rousse breed. However, co-selection is still possible, even if the genetic progress for milk production will be slowed down. In the Rouge de l'Ouest breed, the optimization of the phenotyping protocol has been carried out in such a way that its impact on the evaluation protocol of the meat aptitudes, carried out concomitantly, is as limited as possible. After having selected rams more resistant to these parasites, the third objective was to ensure that there was no increased sensitivity to digestive protozoa and that the effect of the selection on the sires was effectively found in their daughters in various farming systems. Manech Tête Rousse ewe lambs, from sires indexed for resistance to gastrointestinal nematodes, were followed during their first four months of life. Genetic selection for resistance to gastrointestinal nematodes did not influence natural asymptomatic Cryptosporidium spp. infections or Eimeria spp. oocyst excretion intensities. The proportions of pathogenic Eimeria species (E. ovinoidalis and E. crandallis) were also identical regardless of sire status. Ewes of the Manech Tête Rousse and Basco-Béarnaise breeds, sired by rams indexed for resistance to gastrointestinal nematodes, were studied during one and a half year on pasture. In Manech Tête Rousse, the effect of the sire's index was found in the spring when ewes from resistant sires excreted fewer gastrointestinal nematode eggs than ewes from susceptible sires. When H. contortus is present in the majority of the helminthofauna, the proportions of this species are generally lower in ewes from resistant rams. Finally, the last objective of this thesis was to evaluate the interest of an alicament based on plants rich in condensed tannin (sainfoin and québracho) in breeding following the manufacturer's recommendations. The alicament, although practical in its use, did not lead to a decrease in the intensity of excretion of gastrointestinal nematode eggs compared to a control group. Moreover, the cost of this drug is currently at least double that of an anthelmintic treatment. This thesis work has allowed the continuation of work on alternatives for the control of gastrointestinal strongylosis in sheep. It has also served as a basis for other research projects and technology transfer to professionals from the sheep industry in the New Aquitaine region (France).