Méthodes d'intégration sémantique de données patients multi domaines dans des architectures d'entrepôts de données de santé : une approche orientée cas d'usage

Methods for semantic integration of multi-domain patient data in health data warehouse architectures : a use case oriented approach

• Auteur / Autrice : Pierre Lemordant
• Direction : Bernard Gibaud, Marc Cuggia
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance le 02/11/2022
• Etablissement(s) : Rennes 1
• Ecole(s) doctorale(s) : MATHSTIC
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (1969-.... ; Rennes)
• Jury : Président / Présidente : Christophe Aubé
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Marie-Christine Jaulent, Marc-Olivier Gauci

Mots clés

Mots clés contrôlés

Entrepôts de données

Imagerie médicale

Mots clés libres

Intégration sémantique

Imagerie

Entrepôt de données de santé

Semantic integration

Imaging

Clinical data warehouse

Résumé

Dans le domaine de l’imagerie médicale, les évolutions techniques (stockage de données, modalités d’imagerie, …) et méthodologiques (médecine personnalisée, évolution de l’imagerie diagnostique et interventionnelle, …) des dernières décennies ont fait apparaître des enjeux majeurs concernant l’usage de l’imagerie dans le soin et dans la recherche, notamment de l’utilisation secondaire de cette source de données. L’objectif de cette thèse a été de développer des méthodes afin de rendre intégrables et réutilisables ces données d’imagerie dans une solution d’entrepôt de données de santé et de mettre en œuvre cette intégration sémantique dans le cadre concret de la solution d’entrepôt développée dans notre laboratoire. Dans ce travail, nous avons étudié les outils et méthodes d’alignement de terminologie locales et de références pour permettre la réutilisation et le partage des données d’imagerie. Nous avons conçu une preuve de concept d’outil de classification des examens d’imagerie utilisant le raisonnement ontologique. Enfin, nous avons développé et déployé un prototype de module d’intégration sémantique des données d’imagerie permettant de gérer le trajet des données depuis le PACS jusqu’à l’entrepôt.

In the field of medical imaging, technical (data storage, imaging modalities, etc.) and methodological (personalised medicine, evolution of diagnostic and interventional imaging, etc.) developments over the last few decades have raised major challenges concerning the use of imaging in care and research, particularly the secondary use of this data source. The objective of this work was to develop methods to integrate and reuse this imaging data in a clinical data warehouse solution and to implement this semantic integration in the framework of the warehouse solution developed in our laboratory. In this work, we studied tools and methods for local terminology alignment with reference terminology to enable the reuse and sharing of imaging data. We designed a proof of concept for an imaging classification tool using ontological reasoning. Finally, we developed and deployed a prototype module for semantic integration of imaging data to manage the data path from the PACS to the clinical data warehouse.