Traitement multimodal du portage intestinal de bactéries multirésistantes avec des probiotiques et des prébiotiques
Auteur / Autrice : | Murad Ishnaiwer |
Direction : | Michel Dion, Éric Batard |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Microbiologie |
Date : | Soutenance le 21/09/2022 |
Etablissement(s) : | Nantes Université |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Biologie-Santé (Nantes) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Cibles et Médicaments de l'Infection, de l'Immunité (Nantes) |
Jury : | Président / Présidente : Geneviève Héry-Arnaud |
Examinateurs / Examinatrices : Patricia Lepage | |
Rapporteur / Rapporteuse : Geneviève Héry-Arnaud, Etienne Ruppé |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
L'intestin est le principal réservoir d'entérobactéries multirésistantes (MDRE), et il est urgent d'identifier des traitements de la colonisation intestinale par MDRE. Nos objectifs étaient de tester des traitements innovants de la colonisation digestive par un Escherichia coli producteur de BLSE (EcBLSE) dans un modèle expérimental murin de dysbiose intestinale induite par l'amoxicilline, et de prédire l'efficacité des traitements à partir de la composition du microbiote avant traitement. Dans ce travail, nous avons obtenu une forte activité in vitro de nouvelles souches de B. subtilis contre EcBLSE. Cependant ces souches se sont révélées inactives in vivo. Nous avons ensuite montré une activité temporaire in vivo de souches d’E. coli commensales. En outre, les traitements par Akkermansia muciniphila et inuline étaient efficaces chez la souris, mais uniquement lorsqu'ils étaient associés au pantoprazole. Le pantoprazole seul n'a montré aucun effet sur la colonisation par notre EcBLSE, mais il réduisait la dysbiose induite par l’amoxicilline. Les analyses par qPCR et shotgun sequencing ont identifié Adlercreutzia caecimuris et A. muris parmi d'autres taxons comme prédicteurs de l'efficacité de la combinaison inuline/pantoprazole. Nous avons pu montrer qu’utilisés comme traitement préventif, ils réduisaient significativement les titres fécaux d’EcBLSE Ces taxons pourraient avoir un effet additif sur nos traitements. Il sera donc intéressant de tester de nouveaux mélanges symbiotiques pour diminuer la colonisation intestinale par les EcBLSE. De plus, la forte activité bêta-lactamase détectée dans les fèces avant inoculation d’EcBLSE était remarquablement corrélée à la décolonisation ultérieure, probablement en diminuant la concentration fécale d’amoxicilline et en réduisant la dysbiose induite par l’amoxicilline. Cette étude ouvre donc de nouvelles voies pour le traitement de la colonisation intestinale par les entérobactéries multirésistantes.