Thèse soutenue

Characterisation of circulating HBV RNAs in chronic HBV patients

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Auteur / Autrice : Alexia Paturel
Direction : Massimo Levrero
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Infectiologie
Date : Soutenance le 17/03/2022
Etablissement(s) : Lyon
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale de Biologie Moléculaire Intégrative et Cellulaire (Lyon)
Partenaire(s) de recherche : établissement opérateur d'inscription : Université Claude Bernard (Lyon ; 1971-....)
Laboratoire : Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon
Jury : Président / Présidente : Fabien Zoulim
Examinateurs / Examinatrices : Massimo Levrero, Patrick Soussan, Maura Dandri, Marintha Heil, Teresa Pollicino
Rapporteurs / Rapporteuses : Patrick Soussan, Maura Dandri

Résumé

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L'infection chronique par le virus de l'hépatite B (VHB) reste un problème majeur de santé publique au niveau mondial avec 240 millions de porteurs chroniques. Les traitements actuels de l'infection chronique par le VHB ne permettent pas d'obtenir une guérison fonctionnelle, définie par la perte de l'AgHBs et permettant l'arrêt du traitement ainsi qu'une diminution du risque de complications hépatiques. Un grand nombre de nouvelles molécules thérapeutiques antivirales ciblant directement ou indirectement l'ADNccc nucléaire, l'intermédiaire de réplication servant de matrice pour la transcription de tous les ARNm viraux, afin de réduire le réservoir d'ADNccc et son activité transcriptionnelle et obtenir une guérison fonctionnelle avec une durée de traitement limitée, sont en cours d’évaluation clinique. La suppression persistante de l'ADN du VHB dans le sérum et la perte des antigènes AgHBs sont actuellement les critères d'efficacité thérapeutique pour toutes nouvelles molécules mais ne sont pas appropriés pour les patients déjà traités par des analogues nucléotidiques diminuant l'ADN viral. En outre, bien que les niveaux d'AgHBs sont prédictifs de la perte de l'AgHBs, la cinétique de réduction des taux d'AgHBs est trop lente pour être utilisée dans le contexte d'un essai clinique de courte durée. De plus, l'AgHBs peut provenir des séquences intégrées du génome viral et ne pas refléter ni le nombre de molécules d'ADNccc, ni son activité transcriptionnelle. En revanche, l'ARN VHB circulant reflète l'activité transcriptionnelle de l'ADNccc dans le foie et serait donc un bon biomarqueur non invasif pour le suivi de la maladie et l'évaluation de nouvelles molécules thérapeutiques. L'établissement d'un standard d'ARN VHB reste crucial pour le développement de tous tests de quantification de l'ARN VHB circulant. Dans ce but, nous avons conçu plusieurs lignées cellulaires clonales portant des génomes mutés du VHB. La lignée cellulaire clonale (Huh7-3D29) sécrétant des niveaux élevés d'ARN du VHB et de très faibles quantités d'ADN du VHB a été générée et caractérisée. Nous avons pu montrer que, comme déjà observé dans les sérums de patients VHB chroniques, les ARN-VHB sécrétés par le clone Huh7-3D29 sont principalement, mais pas exclusivement, des ARN de 3,5 kb et, les ARN-VHB peuvent être trouvés dans les exosomes. Des expériences de dilution en série et de reproductibilité utilisant une RT-qPCR en une étape conçue par Roche, ont montré que les surnageants des cellules Huh7-3D29 peuvent être utilisés avec les tests de quantification de l'ARN du VHB basés sur la PCR et constituent une source illimitée de standard ARN du VHB. Bien qu'il existe des preuves solides à l'appui de l'utilité clinique de la quantification des ARN VHB circulants, l'impact des transcrits chimériques virus-hôte à partir de séquences intégrées du VHB sur les niveaux d'ARN VHB circulant reste à étudier. De plus, pour comprendre l'effet des thérapies VHB sur les séquences intégrées du VHB et sur leur transcription, il sera important de quantifier à la fois les ADN et les transcrits chimériques virus-hôte. Nous avons mis en place un protocole de capture suivi par séquençage à haut débit pour l'analyse des ADN et des ARN VHB. Les résultats obtenus jusqu'à présent montrent que notre protocole de capture/séquençage peut détecter et quantifier les intégrations du VHB dans des lignées cellulaires de CHC portant des séquences intégrées du VHB (par exemple, PLC/PRF/5 et Hep3B) ainsi que dans le foie d'un porteur chronique du VHB. Dans l'ensemble, nos résultats contribuent au développement, à l'établissement et à l'interprétation de la quantification de l'ARN VHB circulant en tant que nouveau biomarqueur de l'infection chronique par le VHB.