Gestion et maîtrise des risques liés aux rongeurs du Tchad

Management and control of risksrelated to rodents in Chad

• Auteur / Autrice : Barka Mahamat Ali
• Direction : Virginie Lattard, Imar Djibrine Soudy
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie animale
• Date : Soutenance le 12/12/2022
• Etablissement(s) : Lyon 1 en cotutelle avec Université de N'Djaména
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Interdisciplinaire Sciences-Santé (Villeurbanne ; 1995-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Rongeurs sauvages, risques sanitaires et gestion des populations
• Jury : Président / Présidente : Léa Payen
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Virginie Lattard, Imar Djibrine Soudy, Sophie Rahuel-Clermont, Tidjani Abdelsalam, Geneviève Lydie Yao, Gauthier Dobigny, Alio Hamit
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Sophie Rahuel-Clermont, Tidjani Abdelsalam, Geneviève Lydie Yao

Mots clés

Mots clés contrôlés

Mutation (biologie)

Antivitamines K

Gestion

Populations

Rongeurs

Rongeurs -- Lutte contre

Mots clés libres

Rongeurs

Portages

Résistance

Mutation

Antivitamine K

VKORC1

Rodents

Carriage

Resistance

Mutation

Antivitamin K

VKORC1

Résumé

La gestion des populations de rongeurs fait de plus en plus recours à l’usage des anticoagulants antivitamines K (AVKs). Toutefois, leur utilisation intensive et non raisonnée a entrainé une sélection de résistance chez certains rongeurs et dans certains pays. La maitrise de la prolifération des rongeurs des six localités du Tchad étant un enjeu de santé publique, notre étude avait pour objectifs l’identification des espèces de rongeurs présents dans le Tchad et la mise en évidence de mutations dans leur gène vkorc1 pouvant induire une résistance de cible à l’utilisation des AVKs. Pour ce faire, trois sites (maisons, entrepôts et champs) ont été identifiés pour deux campagnes de captures organisées en 2019 et 2020. Des pièges traditionnels à base métallique et plastique (sites 1, 2 et 3) ont été posés. Les appâts utilisés étaient la pâte d’arachide et le concombre. 519 rongeurs ont été capturés et l’analyse moléculaire du gène du cytochrome b a permis d’identifier avec 178 Mastomys verheyeni, 144 Rattus rattus, 100 Arvicanthis niloticus, 78 Mastomys natalensis, 4 Crocidura olivieri et 1 Praomys rostratus. Quatorze (14) rongeurs n’ont pas été identifiés du fait de la non-conservation de l’ADN génomique. Aucune mutation du gène vkorc1 n’a été observée chez Mastomys verheyeni, Arvicanthis niloticus, et Mastomys natalensis. En revanche, chez Rattus rattus, 6 mutations ont été trouvées dans l’exon 1, 2 et 3. Trois mutations conduisent aux mutations protéiques V29E, V69E et D127V. Nous avons également étudié la prévalence de 2 agents zoonotiques Leptospira et Trypanosoma. Chez Mastomys verheyeni, Rattus rattus, Arvicanthis niloticus, et Mastomys natalensis, Nous n’avons trouvé aucune Leptospira sur l’ensemble des rongeurs testés. Par contre une forte prévalence de Trypanosoma (Lewisi) a été trouvé chez Rattus rattus (51,5%) et Mastomys verheneyi (31,4%).

The management of rodent populations increasingly relies on the use of vitamin K anticoagulants (AVKs). However, their intensive and unreasonable use has led to resistance selection in some rodents and in some countries. The control of the proliferation of rodents in the six localities of Chad being a public health issue, our study aimed to identify the species of rodents present in Chad and the demonstration of mutations in their vkorc1 gene that can induce resistance. target to the use of AVKs. To do this, three sites (houses, warehouses and fields) have been identified for two capture campaigns organized in 2019 and 2020. Traditional metal and plastic-based traps (sites 1, 2 and 3) have been set. The baits used were peanut paste and cucumber. 519 rodents were captured and molecular analysis of the cytochrome b gene identified with 178 Mastomys verheyeni, 144 Rattus rattus, 100 Arvicanthis niloticus, 78 Mastomys natalensis, 4 Crocidura olivieri and 1 Praomys rostratus. Fourteen (14) rodents were not identified due to the non-preservation of genomic DNA. No mutation of the vkorc1 gene was observed in Mastomys verheyeni, Arvicanthis niloticus, and Mastomys natalensis. In contrast, in Rattus rattus, 6 mutations were found in exon 1, 2 and 3. Three mutations lead to protein mutations V29E, V69E and D127V. We also studied the prevalence of 2 zoonotic agents Leptospira and Trypanosoma. in Mastomys verheyeni, Rattus rattus, Arvicanthis niloticus, and Mastomys natalensis. We did not find any Leptospira on all the rodents tested. On the other hand, a high prevalence of Trypanosoma (Lewisi) was found in Rattus rattus (51.5%) and Mastomys verheneyi (31.4%).