Thèse soutenue

Étude du rôle réservoir des chauves-souris dans la transmission des micro-organismes pathogènes pour l’Homme et l’animal en France

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Auteur / Autrice : Youssef Arnaout
Direction : Zoheira DjelouadjiEvelyne Picard
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie, médecine et santé
Date : Soutenance le 06/09/2022
Etablissement(s) : Lyon 1
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Interdisciplinaire Sciences-Santé (Villeurbanne ; 1995-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Rongeurs sauvages, risques sanitaires et gestion des populations
Jury : Président / Présidente : Bruno Lina
Examinateurs / Examinatrices : Zoheira Djelouadji, Evelyne Picard, Meriadeg Le Gouil, Nathalie Ruvoen-Clouet, Stéphan Zientara, Charlotte Valat
Rapporteurs / Rapporteuses : Meriadeg Le Gouil, Nathalie Ruvoen-Clouet, Stéphan Zientara

Résumé

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Les animaux de la faune sauvage sont une source de divers micro-organismes pathogènes pour les animaux domestiques et l’Homme. La transmission des micro-organismes peut survenir lors de contact direct ou indirect avec la faune sauvage, engendrant des problématiques importantes comme ce fut le cas avec la pandémie de la COVID-19 impliquant les chauves-souris et d’autres animaux de la faune sauvage. Avec plus de 1400 espèces recensées dans le monde, les chauves-souris représentent le second plus grand ordre des mammifères après les rongeurs en nombres d’espèces. Aujourd’hui, le rôle des chauves-souris dans la transmission des maladies infectieuses à l’Homme et l’animal reste mal connu et peu étudié, notamment en France. Une hypothèse serait que les chauves-souris pourraient jouer un rôle de réservoir dans le maintien et la transmission des micro-organismes pathogènes soit directement par contact avec des espèces sensibles, soit indirectement par dissémination de particules dans l’environnement. Une grande majorité de ces micro-organismes sont des virus, notamment le virus de Marburg, Hendra, Nipah ou les Lyssavirus, dont certaines espèces de chauves-souris constituent ainsi le réservoir naturel, mais également des bactéries pathogènes zoonotiques. Dans le cadre de ce travail de thèse, nous nous sommes intéressés à la présence de quelques micro-organismes cibles pathogènes dont les coronavirus, les rotavirus, le virus de la maladie de Carré, les lyssavirus ainsi qu’aux bactéries comme les leptospires. En vue d’investiguer la présence des pathogènes cibles chez les populations de chauves-souris autochtones, une identification précise des espèces semble importante (association-espèce-micro-organismes), et permettrait de disposer de données pour estimer le risque sanitaire que peuvent représenter les chauves-souris. Dans ce contexte, une première étude a été réalisée portant sur la comparaison d’une méthode moléculaire permettant l’identification génétique des espèces par rapport à l’identification morphologique réalisée par les naturalistes. La méthode d’identification génétique des espèces a été mise au point pour amplifier partiellement le gène d’ADN mitochondrial le cytochrome b (cyt b). Ensuite, une deuxième partie de ce travail a été consacrée au développement et à la mise au point des méthodes de détection de diverses cibles pathogènes, et ce à partir de plusieurs matrices biologiques (les écouvillons oropharyngés, l’urine, les reins et les poumons). La particularité de ce travail de thèse était de rechercher les diverses pathogènes cibles dans plusieurs types de matrices biologiques des chauves-souris dont notamment le guano, qui constitue une méthode d’échantillonnage non invasif. Lors de la détection de pathogène, une des problématiques rencontrées était la présence des inhibiteurs de la réaction de PCR dans les différents types de matrice biologique. Une vérification en amont de l’absence de tout inhibiteur de PCR dans chaque échantillon semblait alors nécessaire. Ce travail a été accompli par l’amplification du gène ubiquitaire de la b-actine. Nous avons mis en évidence une fréquence allant de 5 à 60 % des échantillons biologiques non exploitables et donc pouvant générer des résultats faussement négatifs. L’exploitabilité des échantillons biologiques est donc une étape nécessaire pouvant avoir des impacts non négligeables au niveau des analyses moléculaires et épidémiologiques. L’étude exploratoire a montré pour la première fois en France la présence de l’ADN de leptospires chez des espèces de chauves-souris : Myotis myotis et Myotis daubentonii. L’analyse des séquences 16 S ARNr des échantillons positifs a mis en évidence l’espèce Leptospira borgpetersenii [...]