Dynamique et identification des sources de contamination fécale dans un espace littoral connaissant des pratiques de tourisme et de loisirs : l’exemple de la baie d’Aytré

Dynamics and identification of fecal contamination sources in a coastal area with tourism and leisure practices : example of Aytré Bay

• Auteur / Autrice : Méry Ndione
• Direction : Hélène Agogué, Luc Vacher
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie de l'environnement, des populations, écologie
• Date : Soutenance le 21/01/2022
• Etablissement(s) : La Rochelle
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Euclide (La Rochelle ; 2018-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Littoral, Environnement et Sociétés (La Rochelle)
• Jury : Président / Présidente : Yann Héchard
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Hélène Agogué, Luc Vacher, Yann Héchard, Jean-François Humbert, Françoise Lucas, Michèle Gourmelon
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-François Humbert, Françoise Lucas

Mots clés

Mots clés contrôlés

Littoraux -- Utilisation pour les loisirs

Eau -- Pollution par les bactéries

Écologie des rivages

Fèces

Eaux de baignade

Mots clés libres

Contamination fécale

Écosystème côtier

Dynamique spatio-temporelle

Origine humaine ou non humaine (animale)

Fecal contamination

Coastal ecosystem

Spatiotemporal dynamics

Human or non-human (animal) origin

Résumé

La qualité microbiologique des eaux de baignade diminue progressivement d’années en années, et peut être un problème majeur de santé publique. Ainsi, des surveillances sanitaires de la qualité microbiologique des eaux de baignade sont effectuées conformément à la directive européenne (2006/7/EC) pour assurer la sécurité sanitaire des baigneurs et préserver l’image de ces écosystèmes. Depuis de nombreuses années, la baie d’Aytré (Charente Maritime, France), a été classée en « qualité insuffisante » et cette plage est interdite à la baignade depuis 2018. Les enjeux sanitaires et le rôle prépondérant de cette plage sur le développement touristique et l’économie locale ont conduit à rechercher l’origine et le déterminisme spatiotemporel de cette contamination fécale. Cette thèse présente une approche intégrée de l’analyse de la contamination fécale de la baie d’Aytré par une étude pluridisciplinaire de différentes hypothèses analysées depuis le début des années 2000 par les collectivités locales. Le niveau de contamination fécale des eaux de baignade durant une année était relativement faible avec une variation saisonnière notable de l’abondance des indicateurs de contamination fécale Escherichia coli et entérocoques. Les dépassements des seuils réglementaires sur 24% et 32% des échantillons d’eau du Platin Nord et du Platin Sud, les deux sites de baignade de la baie d’Aytré étaient principalement dus aux entérocoques. La qualité microbiologique du sédiment au cours du temps a montré que le sédiment n’était pas une source diffuse de contamination dans l’eau. L’analyse combinée des marqueurs protéiques, génétiques et chimiques a révélé la présence d’une part d’espèces d’entérocoques d’origine environnementale et d’autre part une contamination d’origine animale principalement et une faible contribution de l’origine humaine. La stratégie d’analyse élaborée et les outils développés au cours de cette étude permettront d’améliorer les méthodes de surveillance sanitaire des eaux de baignade

The microbiological quality of bathing water is progressively decreasing from year to year, and can constitute a major public health problem. Thus, sanitary monitoring of the microbiological quality of bathing waters is carried out in accordance with the European directive (2006/7/EC) to ensure the sanitary safety of bathers and preserve the image of these recreational ecosystems. For many years, the bay of Aytré (Charente Maritime, France), has been classified as "poor quality" and this beach is prohibited for bathing since 2018. The health issues and the preponderant role of this beach on the tourism development and the local economy led to investigate the origin and the spatiotemporal determinism of this fecal contamination. This thesis presents an integrated approach to the analysis of the fecal contamination of Aytré Bay through a multidisciplinary study of different hypotheses analysed since the beginning of the 2000s by the local authorities. The level of fecal contamination of the bathing water during a year was relatively low with a notable seasonal variation in the abundance of the fecal contamination indicators Escherichia coli and enterococci. Exceedances of the regulatory thresholds on 24% and 32% of the water samples from Platin Nord and Platin Sud, the two bathing sites in Aytré Bay, were mainly due to enterococci. The microbiological quality of the sediment over time showed that the sediment was not a diffuse source of contamination in the water. The combined analysis of protein, genetic and chemical markers revealed the presence of enterococci species of environmental origin on the one hand, and on the other hand, a contamination of mainly animal origin and a small contribution from human origin. The analytical strategy and tools developed during this study will help to improve the sanitary surveillance methods of bathing waters.