Caractérisation moléculaire et pathogénique du virus de l'influenza aviaire H9N2 et étude de la protection conférée par les vaccins commercialisés des coinfections H9 et IBDV chez le poulet de chair

Molecular and pathogenic characterization of the H9N2 avian influenza virus and study of the protection conferred by commercialized vaccines of H9 and IBDV co-infections in broiler chickens in Morocco

• Auteur / Autrice : Fatima-Zohra Sikht
• Direction : Christelle Camus, Siham Fellahi
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Infectiologie, Physipoathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition
• Date : Soutenance le 17/11/2022
• Etablissement(s) : Toulouse, INPT en cotutelle avec Institut agronomique et vétérinaire Hassan II (Maroc)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (Toulouse)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Interactions Hôtes - Agents Pathogènes (Toulouse ; 2003-....)
• Jury : Président / Présidente : Mohammed El Houadfi
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Christelle Camus, Siham Fellahi, Mohammed El Houadfi, Mariette Ducatez, Noursaid Tligui, Jaouad Berrada
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Nadia Touil, Béatrice Grasland

Mots clés

Mots clés contrôlés

Virus

Oiseaux -- Maladies infectieuses

Aviculture

Mots clés libres

IAFP

H9N2

Vaccin vectorisé

VvIBDV

Immunosuppression

LPAI

H9N2

Vectorized vaccine

VvIBDV

Immuosuppression

Résumé

L'influenza aviaire faiblement pathogène (IAFP) de sous-type H9N2 est une maladie infectieuse et contagieuse des voies respiratoires extrêmement pénalisante sur le plan économique pour la production avicole. Malgré le fait que le sous-type H9N2 est faiblement pathogène, plusieurs études ont montré que la co-infection avec d'autres agents pathogènes ainsi que les facteurs environnementaux peuvent aggraver les infections IAFP de type H9N2, conduisant à une maladie respiratoire très sévère. Les objectifs généraux de ce travail sont, la caractérisation moléculaire du virus de l’IAFP H9N2 au Maroc, et l’étude de la protection conférée par les vaccins commercialisés des co-infections H9N2 et IBDV chez le poulet de chair. Le premier objectif de ce travail était de surveiller et d'évaluer la présence du virus de l'IAFP H9N2 dans huit régions différentes du Maroc en utilisant la RT-PCR en temps réel, et d'évaluer l'évolution phylogénétique et moléculaire de ce virus entre 2016 et 2019. Pour faire cela, des échantillons de terrain ont été collectés dans 108 élevages suspectés d'être infectés par l’IAFP H9N2. Les échantillons ont été analysés par RT-PCR en temps réel spécifique H9. Ensuite, les échantillons hautement positifs ont été soumis à l'isolement du virus et sept isolats ont fait l’objet d’un séquençage du génome complet. Le virus de l’IAFP a été introduit au Maroc en 2016. Nous montrons dans la présente étude qu'en 2018-2019, le virus était toujours présent quel que soit le statut vaccinal. Les analyses phylogénétiques et moléculaires ont révélé des mutations liées à la virulence, bien que nos virus soient apparentés aux virus marocains caractérisés en 2016 et regroupés dans la lignée G1. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés à étudier les effets immunosuppresseurs de la souche très virulente du virus de la bursite infectieuse IBDV (vvIBDV) et de différents types de vaccins IBDV utilisés au cours des deux premières semaines d'âge, sur une infection à 4 semaines d’âge par le virus de l’IAFP H9N2 chez le poulet de chair. Dans cette étude, 200 poussins commerciaux d'un jour ont été répartis en cinq groupes et ont été soit vaccinés avec différents vaccins IBDV selon des protocoles standards, soit infectés par la souche vvIBDV au 14e jour d’âge, soit gardés comme témoins. Au 28e jour d’âge, tous les poulets, à l'exception de ceux du groupe témoin, ont été infectés par le virus de l'IAFP H9N2. Les signes cliniques ont été suivis, des écouvillonnages et des autopsies ont été effectuées, et des sérums et des tissus ont été prélevés tout au long de l'expérimentation. VIII Avant l’infection par le H9N2, tous les poulets vaccinés contre l'IBDV ont présenté une diminution statistiquement significative du BBI par rapport au groupe témoin, à l'exception des oiseaux vaccinés par le vaccin vectorisé HVT-IBD. Après l’infection par le H9N2, les poulets vaccinés par le vaccin vectorisé HVT-IBD ont été les moins affectés (signes cliniques et excrétion virale) par l'infection par le virus H9N2, suivis des oiseaux vaccinés par le vaccin hyperimmun et le vaccin intermédiaire plus, respectivement. Troisièmement, nous avions l’intérêt d’évaluer la protection conférée par le vaccin vectorisé trivalent HVT-IBD-ND chez le poulet de chair moyennant une souche vvIBDV. 150 poulets de chair ont été séparés en 5 groupes (A et D vaccinés par vaccin vectorisé trivalent HVT- IBD-ND ; B vacciné par un vaccin hyperimmun ; C : non vacciné contre l’IBDV et infecté avec le vvIBDV et E non vacciné non infecté). Au 28e jour d’âge, les groupes A, B et C ont été infectés par la souche vvIBDV, alors que les groupes D et E sont gardés comme témoin négatif. Pour atteindre notre objectif, différents paramètres ont été retenus. Les résultats ont montré que le groupe A a été le moins affecté par l’épreuve virulente avec le vvIBDV, suivi par le groupe B et enfin du groupe C témoin positif. Mots clés : IAFP, H9N2, vaccin vectorisé, vvIBDV, immunosuppression

Low pathogenic avian influenza (LPAI) subtype H9N2 is an infectious and contagious respiratory disease that is extremely economically damaging to poultry production. Even though the H9N2 subtype is low pathogenic, several studies have shown that co-infection with other pathogens as well as environmental factors can exacerbate H9N2 LPAI infections, leading to very severe respiratory disease. The general objectives of this work are, molecular characterization of the LPAI virus H9N2 in Morocco, and study of the protection conferred by the commercialized vaccines of H9N2 and IBDV co-infections in broiler chicken. The first aim of this work was to monitor and assess the presence of LPAI H9N2 in eight different regions of Morocco using real-time RT-PCR, and to assess the phylogenetic and molecular evolution of the H9N2 virus between 2016 and 2019. Field samples were collected from 108 farms suspected of being infected with LPAI H9N2 virus. Samples were analyzed using H9-specific real-time RT-PCR. Then, highly positive samples were subjected to virus isolation and seven isolates were fully sequenced. LPAI virus was introduced in Morocco in 2016. We show in the present study that in 2018–2019, the virus was still present irrespective of vaccination status. Phylogenetic and molecular analyses showed mutations related to virulence, although our viruses were related to 2016 Moroccan viruses and grouped in the G1 lineage. In a second step, we were interested in studying the immunosuppressive effects of the very virulent strain of Infectious Bursal Disease virus IBDV (vvIBDV) and different IBDV vaccines types used in the first two weeks of age, in case of late infection with (LPAI) H9N2 virus in broilers. In this study, 200 commercial day-old chicks were divided into five groups, and were either vaccinated with different IBDV vaccines following standard protocols, infected with vvIBDV strain at day 14, or kept as controls. At day 28, all animals, except those of control group, were challenged by LPAI H9N2 virus. Clinical signs were followed, swabs and necropsies were performed, and blood and tissues were collected throughout the experiment. Oropharyngeal swabs were collected to assess H9N2 virus shedding by qRT-PCR. Before challenge, all IBDV-vaccinated animals exhibited statistically significant decreased in BBI as compared to the control group, except for birds vaccinated with HVT-IBDV. After challenge with the LPAIH9N2 virus, HVT-IBDV-vaccinated birds were the least affected (lower clinical signs and virus shedding) by H9N2 virus infection, followed by birds vaccinated with the immune-complex vaccine and the intermediate plus vaccine, respectively. Finally, we were interested in evaluating the protection conferred by the trivalent vectorized vaccine HVT-IBD-ND in broilers against a highly virulent strain of avian infectious bursal disease virus. 150 broilers were separated into 5 groups (A and D vaccinated with HVT-IBD- ND trivalent vectorized vaccine; B vaccinated with immune-complex vaccine; C: unvaccinated against IBDV and infected with vvIBDV and E unvaccinated non-infected). At day 28 of age, groups A, B, and C were infected with the vvIBDV strain, while groups D and E were kept as negative controls). To achieve our objective, different criteria were used. The results showed that group A was the least affected by the virulent challenge with vvIBDV, followed by group B and finally group C positive control. Keywords: LPAI, H9N2, vectorized vaccine, vvIBDV, immuosuppression.