Etude des agents pathogènes dans les populations animales de zones humides en Corse et implications en termes de santé animale et humaine

Study of pathogens in wetland animal populations in Corsica and implications in terms of animal and human health

• Auteur / Autrice : Baptiste Defaye
• Direction : Vanina Pasqualini, Yann Quilichini
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Physiologie et Biologie des Organismes - Populations - Interactions
• Date : Soutenance le 17/10/2022
• Etablissement(s) : Corte
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnement et sociéte (Corte ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Université de Corse (1975-....). UMR CNRS 6134 "Sciences pour l'Environnement" (SPE)
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Yann Quilichini, Jérôme Boissier, Thomas Pollet, Sara Moutailler, Joséphine Foata
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jérôme Boissier, Thomas Pollet

Mots clés

Mots clés contrôlés

Corse (France)

Élevage

Sanglier

Oiseaux des zones humides

Maladies infectieuses -- Chez les animaux

Mots clés libres

Agents pathogènes

Avifaune

Corse

Animaux d’élevage

Mouches plates

Sangliers

Tiques

Zones humides

Pathogens

Avifauna

Corsica

Livestock

Loose flies

Wild boar

Ticks

Wetlands

Résumé

La Corse est une île méditerranéenne française marquée par de fortes activités humaines et animales au sein de différents biotopes. Parmi ces biotopes, les plus marquants sont les zones humides. Au sein du territoire Corse, sept catégories de zones humides ont été dénombrées, allant de zones humides temporaires, telles les mares et les estuaires temporaires, à des zones permanentes de grande taille, telles les lagunes littorales. Ces zones sont des zones clef des activités humaines (agricoles, touristiques, récréatives), animales (agriculture, abreuvages, repos, migration) et favorables à la prolifération et à la circulation d’agents pathogènes et de leurs vecteurs. C’est dans ce contexte que nous avons mis en place cette étude, basée sur la recherche d’agents pathogènes dans différents groupes d’animaux et leurs vecteurs dans les zones humides de Corse. Elle s’est focalisée sur trois groupes d’animaux. Le premier est celui des mammifères sauvages, ayant pour modèle le sanglier. Le deuxième groupe est celui des animaux d’élevages Corse. Le troisième est celui de l’avifaune. Lors de notre étude, 601 tiques ont été collectées, réparties dans 4 genres différents : Dermacentor spp. (D. marginatus), Hyalomma spp. (Hy. marginatum et Hy. scupense), Ixodes spp. (I. acuminatus/ventalloi, I. arboricola/lividus, I. frontalis et I. ricinus) et Rhipicephalus spp. (Rh (Bo). annulatus, Rh. bursa et Rh sanguineus s.l.). Parmi ces genres, des préférences d’infestations ont été observées, comme cela a été le cas pour le genre Dermacentor pour le sanglier, le genre Rhipicephalus pour les bovins et le genre Ixodes pour l’avifaune. En complément des tiques collectées, 37 mouches plates de l’espèce Ornithomya biloba ont été collectées sur l’avifaune migratrice. Il s’agit de leur première identification sur le territoire Corse. Par le biais d’un outil de PCR micro-fluidique en temps réel à haut débit (BioMarkTM dynamic arrays, Fluidigm Corporation, USA), 34 espèces et 11 genres de bactéries, parasites et virus ont été recherchés dans les trois groupes d’animaux cibles. En complément, les virus Usutu et West Nile virus l’ont été dans les échantillons de l’avifaune. Six genres d’agents pathogènes ont été détectés dans les ectoparasites et dans les animaux : trois genres bactériens (Anaplasma, Ehrlichia, Rickettsia), deux genres de parasites (Babesia, Trypanosoma) et un genre viral (Flavivirus). Parmi ces différents genres, certaines espèces ont été identifiées pour la première fois en Corse comme c’est le cas pour : Rickettsia helvetica dans les tiques de l’avifaune, Ehrlichia chaffeensis dans les tiques et oiseaux échantillonnés et Anaplasma capra dans des élevages d’ovins. La présence de certains agents pathogènes a également été confirmée dans des zones humides telles que des bactéries des genres Rickettsia dans des tiques de sangliers et bovins, Anaplasma dans des élevages d’ovins et bovins, Babesia dans les tiques de sangliers et bovins ainsi que dans les populations de sangliers, Trypanosoma dans les populations de bovins et le West Nile virus dans l’avifaune.

Corsica is a French Mediterranean island marked by strong human and animal activities within different biotopes. Among these biotopes, the most outstanding are the wetlands. Within the Corsican territory, seven categories of wetlands have been counted, ranging from temporary wetlands such as ponds and temporary estuaries to large permanent areas such as coastal lagoons. These areas are key areas for human (agricultural, tourist, recreational) and animal (agriculture, watering, resting) activities. Due to their characteristics, these habitats are important in public health by their role in the proliferation and circulation of pathogens and their vectors. In the context of Corsica, the sanitary importance of wetlands is all the more important due to the insular context in the Mediterranean, which makes these areas points of resting for animal migrations such as avifauna. This favorable context for the research of pathogens in groups of animals and their vectors in Corsica wetlands was the target in our study. It focused on three groups of animals. The first one is the wild mammals where we focused on the wild boar. The second group is that of the animals of the corsican breeding. The third and last group is the avifauna. During our study, a total of 601 ticks were collected. They are composed of 4 different genera: Dermacentor spp. (D. marginatus), Hyalomma spp. (Hy. marginatum and Hy. scupense), Ixodes spp. (I. acuminatus/ventalloi, I. arboricola/lividus, I. frontalis, and I. ricinus), and Rhipicephalus spp. (Rh(Bo). annulatus, Rh. bursa, and Rh sanguineus s.l.). Among these genera, infestation preferences were observed, as for the genus Dermacentor for wild boar, the genus Rhipicephalus for cattle and the genus Ixodes for avifauna. In addition to the ticks collected, 37 loose flies of the species Ornithomya biloba were collected from migratory avifauna. This is their first identification on the Corsican territory. Using a high throughput real-time micro-fluidic PCR tool (BioMarkTM dynamic arrays, Fluidigm Corporation, USA), a total of 34 species and 11 genera of bacteria, parasites and viruses were searched for in the three target animal groups. In addition, Usutu and West Nile viruses were tested in avian samples. A total of six pathogen genera were detected in ectoparasites and animals: three bacterial genera (Anaplasma, Ehrlichia, Rickettsia), two parasite genera (Babesia, Trypanosoma) and one viral genus (Flavivirus). Among these different genera, some species have been identified for the first time in Corsica as it is the case for: Rickettsia helvetica in avifauna ticks, Ehrlichia chaffeensis in sampled ticks and birds and Anaplasma capra in sheep farms. The presence of some pathogens was also confirmed in wetlands such as bacteria of the genera Rickettsia in wild boar and cattle ticks, Anaplasma in sheep and cattle farms, Babesia in wild boar and cattle ticks as well as in wild boar populations, Trypanosoma in cattle populations and West Nile virus in avifauna.