Reconstruction de l'activité corticale à partir de données MEG à l'aide de réseaux cérébraux et de délais de transmission estimés à partir d'IRMd

Reconstruction of cortical activity from MEG data using brain networks and transmission delays estimated from dMRI

• Auteur / Autrice : Ivana Kojčić
• Direction : Théodore Papadopoulo, Samuel Deslauriers-Gauthier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Automatique et traitement du signal et des images
• Date : Soutenance le 18/11/2022
• Etablissement(s) : Université Côte d'Azur
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences et technologies de l'information et de la communication (Nice ; 1992-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut national de recherche en informatique et en automatique (France). Unité de recherche (Sophia Antipolis, Alpes-Maritimes)
• Jury : Président / Présidente : Rachid Deriche
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Théodore Papadopoulo, Samuel Deslauriers-Gauthier, Rachid Deriche, Gloria Menegaz, Christian Bénar, Benoit Scherrer
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Gloria Menegaz, Christian Bénar

Mots clés

Mots clés contrôlés

Connectivité structurelle (neurosciences)

Imagerie par résonance magnétique

Problèmes inverses

Électroencéphalographie

Magnétoencéphalographie

Mots clés libres

MEG

Localisation de sources

Problèmes inverses

IRM de diffusion

Connectivité cérébrale structurelle et fonctionnelle

Neurosciences des réseaux

MEG

Source localization

Inverse problems

Diffusion MRI

Structural and fonctional brain connectivity

Network neuroscience

Résumé

Les fibres de la matière blanche permettent le transfert d'information dans le cerveau avec des délais observables en Magnétoencéphalographie et Électroencéphalographie (M/EEG) grâce à leur haute résolution temporelle. Le cerveau peut être représenté comme un graphe où les nœuds sont les régions corticales et les liens sont les connexions physiques entre celles-ci: soit locales (entre sommets adjacents sur le maillage cortical), soit non locales (fibres de la matière blanche). Les connexions non-locales peuvent être reconstruites avec la tractographie de l'IRM par diffusion (IRMd) qui génère un ensemble de courbes («streamlines») représentant des fibres de la matière blanche. Sachant les longueurs des fibres et la vitesse de conduction de l'information, les délais de transmission peuvent être estimés. L'IRMd peut donc donner un aperçu des délais d'interaction du réseau cérébral macroscopique.La localisation et la reconstruction de l'activité électrique cérébrale à partir des mesures M/EEG est un problème inverse. En général, il y a plus d'inconnues (sources cérébrales) que de capteurs. La solution n'est donc pas unique et le problème est dit mal posé. Pour obtenir une solution unique, des hypothèses sur les caractéristiques des distributions de sources sont requises. Les méthodes inverses linéaires traditionnelles utilisent différentes hypothèses qui peuvent favoriser des solutions de norme minimale, imposer des contraintes de lissage dans l'espace et/ou dans le temps, etc. Pourtant, la connectivité structurelle est rarement prise en compte et les délais de transmission sont presque toujours négligés.La première contribution de cette thèse est un pipeline de prétraitement multimodal utilisé pour l'intégration des données d'IRM, IRMd et MEG dans un même cadre, et de simulation de l'activité corticale qui a été utilisée comme jeu de données synthétiques pour valider les approches de reconstruction proposées. Nous proposons également une nouvelle approche pour résoudre le problème inverse M/EEG appelée «Problème Inverse M/EEG Informé par la Connectivité» (CIMIP pour Connectivity-Informed M/EEG Inverse Problem), où des délais de transmission provenant de l'IRMd sont inclus pour renforcer le lissage temporel entre les décours des sources connectées. Pour cela, un opérateur Laplacien, basé sur un graphe de connectivité en fonction du temps, a été intégré dans la régularisation. Cependant, certaines limites de l'approche CIMIP sont apparues en raison de la nature du Laplacien qui agit sur le graphe entier et favorise les solutions lisses sur toutes les connexions, pour tous les délais, et indépendamment de la directionnalité. Lors de tâches visuo-motrices, seules quelques régions sont généralement activées significativement. Notre troisième contribution est une extension de CIMIP pour ce type de tâches qui répond aux limitations susmentionnées, nommée CIMIP_OML («Optimal Masked Laplacian») ou Laplacien Masqué Optimal.Nous essayons de trouver de trouver comment l'information est transférée entre les nœuds d'un sous-réseau de régions d'intérêt du réseau complet de l'espace des sources. Pour décrire les interactions entre nœuds dans un graphe orienté, nous utilisons le concept de motifs de réseau.Nous proposons un algorithme qui 1) cherche un motif de réseau optimal - un modèle optimal d'interaction entre régions et 2) reconstruit l'activité corticale avec le motif trouvé. Des résultats prometteurs sont présentés pour des données MEG simulées et réelles (tâche visuo-motrice) et comparés avec 3 méthodes de reconstruction de l'état de l'art. Pour conclure, nous avons abordé un problème difficile d'exploitation des délais de l'IRMd lors l'estimation de l'activité corticale en tenant compte de la directionalité du transfert d'information, fournissant ainsi de nouvelles perspectives sur les patterns complexes de l'activité cérébrale.

White matter fibers transfer information between brain regions with delays that are measurable with magnetoencephalography and electroencephalography (M/EEG) due to their millisecond temporal resolution. We can represent the brain as a graph where nodes are the cortical sources or areas and edges are the physical connections between them: either local (between adjacent vertices on the cortical mesh) or non-local (long-range white matter fibers). Long-range anatomical connections can be obtained with diffusion MRI (dMRI) tractography which yields a set of streamlines representing white matter fiber bundles. Given the streamlines' lengths and the information conduction speed, transmission delays can be estimated for each connection. dMRI can thus give an insight into interaction delays of the macroscopic brain network. Localizing and recovering electrical activity of the brain from M/EEG measurements is known as the M/EEG inverse problem. Generally, there are more unknowns (brain sources) than the number of sensors, so the solution is non-unique and the problem ill-posed. To obtain a unique solution, prior constraints on the characteristics of source distributions are needed. Traditional linear inverse methods deploy different constraints which can favour solutions with minimum norm, impose smoothness constraints in space and/or time along the cortical surface, etc. Yet, structural connectivity is rarely considered and transmission delays almost always neglected. The first contributions of this thesis consists of a multimodal preprocessing pipeline used to integrate structural MRI, dMRI and MEG data into a same framework, and of a simulation procedure of source-level brain activity that was used as a synthetic dataset to validate the proposed reconstruction approaches. In the second contribution, we propose a new framework to solve the M/EEG inverse problem called Connectivity-Informed M/EEG Inverse Problem (CIMIP), where prior transmission delays supported by dMRI are included to enforce temporal smoothness between time courses of connected sources. This was done by incorporating a Laplacian operator into the regularization, that operates on a time-dependent connectivity graph. Nonetheless, some limitations of the CIMIP approach arised, mainly due to the nature of the Laplacian, which acts on the whole graph, favours smooth solutions across all connections, for all delays, and it is agnostic to directionality. In this thesis, we aimed to investigate patterns of brain activity during sensory-motor tasks, during which only a few regions typically get significantly activated, as shown by previous studies. This led us to our third contribution, an extension of the CIMIP approach that addresses %and resolves the aforementioned limitations, named CIMIP_OML (``Optimal Masked Laplacian''). We restrict the full source space network (the whole cortical mesh) to a network of regions of interest and try to find how the information is transferred between its nodes. To describe the interactions between nodes in a directed graph, we used the concept of network motifs. We propose an algorithm that 1) searches for an optimal network motif - an optimal pattern of interaction between different regions and 2) reconstructs the source activity given the found motif. Promising results are shown for both simulated and real MEG data for a sensory-motor task and compared with 3 different state-of-the-art reconstruction methods. To conclude, we tackled a difficult problem of exploiting delays supported by dMRI for the reconstruction of brain activity, while also considering the directionality in the information transfer, and provided new insights into the complex patterns of brain activity.