Thèse soutenue

Développement de nouveaux fluorophores pour le marquage site-spécifique de l'ADN : applications à la détection fluorogénique des acides nucléiques
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Auteur / Autrice : Steve Vincent
Direction : Alain BurgerBenoît Michel
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Chimie
Date : Soutenance le 23/11/2022
Etablissement(s) : Université Côte d'Azur
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences fondamentales et appliquées (Nice ; 2000-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de chimie (Nice)
Jury : Président / Présidente : Nadia Patino
Examinateurs / Examinatrices : Alain Burger, Benoît Michel, Nadia Patino, Yves Mély, Jean-Marc Escudier, Julie Karpenko
Rapporteurs / Rapporteuses : Yves Mély, Jean-Marc Escudier

Mots clés

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Résumé

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La conception de nouveaux fluorophores est aujourd'hui essentielle pour le développement de l'imagerie des systèmes biologiques et plus particulièrement des acides nucléiques afin de mieux comprendre leurs implications dans le vivant. Ce type de sonde exige des paramètres photophysiques précis comme des longueurs d'onde d'absorption et d'émission décalées vers le rouge ainsi qu'une bonne photostabilité. Aujourd'hui les sondes fluorogéniques font partie des systèmes les plus prometteurs pour l'imagerie des acides nucléiques. Les systèmes permettant de passer d'un simple brin d'acide nucléique non-fluorescent à un duplexe fluorescent après l'hybridation permet de réduire considérablement le bruit de fond tout en gardant un système peu complexe. Dans cette thèse, nous rapportons le développement et la caractérisation de 14 nouvelles sondes fluorogéniques qui ont été liées par des réactions de CuAAC à de multiples séquences d'ADN. Celles-ci nous ont permis d'étudier les amplifications fluorogéniques après hybridation du simple brin à sa cible. Plusieurs stratégies ont été utilisées pour accroitre ces amplifications. Nous avons étudié plusieurs familles de molécules utilisant des mécanismes fluorogéniques variés. Il s'est révélé que les sondes dérivées de la Miami Green répondent aux mieux au cahier des charges que nous nous étions fixés. Ses longueurs d'ondes d'absorption et d'émission sont fortement décalées vers le rouge tout en gardant un très large déplacement de Stokes et une bonne photostabilité. Par-dessus tout, ces sondes ont permis l'obtention d'amplifications de fluorescence les plus importantes avec à un facteur jusqu'à 30 lors de la formation d'un duplexe d'ADN. Ces résultats très prometteurs offrent de nouvelles perspectives pour des applications en imagerie classique ou de super résolution.