La recherche opérationnelle sur les maladies infectieuses à potentiel épidémique et menaçant en Afrique Sub-saharienne

Operational research on emerging infectious diseases in Sub-saharan Africa

• Auteur / Autrice : Marie Jaspard
• Direction : Denis Malvy
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Santé publique Option Epidémiologie
• Date : Soutenance le 15/09/2022
• Etablissement(s) : Bordeaux
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sociétés, politique, santé publique (Talence, Gironde ; 2011-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Bordeaux population Health
• Jury : Président / Présidente : Yazdan Yazdanpanah
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Karine Lacombe, Marie-Edith Lafon, Brigitte Autran
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Xavier de Lamballerie, Michael Ramharter

Mots clés

Mots clés contrôlés

Afrique subsaharienne

Recherche opérationnelle

Covid-19

SARS-CoV-2 (virus)

Fièvre de Lassa

Maladie à virus Ebola

Mots clés libres

Maladie à virus Ebola

Fièvre de Lassa

Recherche opérationnelle

Covid-19

Afrique sub-saharienne

Covid-19

Ebola virus disease

Lassa fever

Operational research

Sub-Saharan Africa

Résumé

Les maladies infectieuses émergentes (MIE) représentent plus que jamais un enjeu de santé mondiale et la connaissance de leur présentation clinico-biologique est indispensable pour optimiser la prise en charge, en terme de soins de support, de traitement spécifique et de contrôle des épidémies, par exemple par la vaccination. Le risque est particulièrement important sur le continent Africain, d’où les maladies émergent régulièrement et ou l’impact sur les populations fragilisées est majeur. La recherche opérationnelle représente l’un des outils pour améliorer la connaissance sur ces maladies et leur prise en charge. A titre d’exemple, 3 maladies ont tout particulièrement émergé en Afrique sub-saharienne et dans le monde ces dernières années : la fièvre de Lassa, la Maladie à Virus Ebola (MVE) et la Covid- 19. La fièvre de Lassa évolue sur le mode épidémique saisonnier principalement au Nigeria mais les connaissances sur cette maladie sont encore parcellaires. De plus, le traitement recommandé, la ribavirine, ne semble pas présenter une efficacité satisfaisante pour prendre en charge efficacement les patients. Depuis la grande épidémie de 2014-2016, la MVE survient par vagues épidémiques en Afrique de l’ouest et centrale, à la faveur d’une transmission animale ou d’une rechute chez un survivant. Malgré la découverte d’un traitement spécifique, beaucoup de questions subsistent, notamment autour des soins de support et de la prévention de l’infection chez les contacts. Enfin, la pandémie de Covid-19 qui a durement touché l’ensemble de la planète depuis plus de 2 ans à des implications spécifiques sur le continent Africain qu’il convient d’explorer. Grace à une collaboration inédite entre une ONG médicale internationale, ALIMA et une équipe de recherche clinique, l’équipe IDLIC de l’unité Inserm 1219 / PACCI, site ANRS de Côte d’Ivoire, plusieurs projets de recherche clinique sur les MIE ont été mis en place en Afrique sub-saharienne au cours des 5 dernières années. Dans cette thèse, nous présenterons certaines des études qui ont été réalisées durant cette collaboration, sur les 3 maladies citées ci-dessus. Il s’agit d’une thèse de publications, dans laquelle seront présentés 4 publications et les perspectives qui en découlent. Les études LASCOPE (publiée dans Lancet Global Health), EVISTA (en cours de révision dans e-clinical Medicine) et COVISTA (publiée dans The International Journal of Infectious Disease) sont des cohortes prospectives décrivant la présentation clinique et biologique ainsi que le standard de soins prodigué aux patients atteints de fièvre de Lassa au Nigeria, de MVE en République Démocratique du Congo (RDC) et de Covid-19 en Guinée et Burkina Faso, respectivement. La 4ème publication concerne une étude pilote menée en RDC pour évaluer la faisabilité d’une prophylaxie post exposition (PPE) par anticorps monoclonaux chez les contacts à haut risque de MVE (publiée dans The International Journal of Infectious Disease). Les perspectives de cette thèse sont multiples. Concernant la fièvre de Lassa, le principal enjeu consiste actuellement à mettre en évidence un traitement spécifique efficace et accessible dans les pays d’Afrique de l’ouest. Pour cela, un essai thérapeutique adaptatif de phase 2-3 est en train de se mettre en place dans plusieurs pays d’Afrique de l’ouest. Pour lutter contre la diffusion de la MVE, une réflexion sur les options disponibles en termes de PPE est en cours au plan international. Enfin, concernant la Covid-19, des essais thérapeutiques et vaccinaux sont en cours en Afrique sub-saharienne.

Emerging infectious diseases (EIDs) are more than ever a global health issue and knowledge of their clinical and biological presentation is essential to optimize management, in terms of supportive care, specific treatment and epidemic control, for example through vaccination. The challenge is particularly important on the African continent, where diseases regularly emerge and where the impact on vulnerable populations is major. Operational research is one of the tools for improving knowledge about these diseases and their management. For example, three diseases have emerged in sub-Saharan Africa and worldwide in recent years: Lassa fever, Ebola Virus Disease (EVD) and Covid-19. Lassa fever has a seasonal epidemic pattern, mainly in Nigeria, but knowledge of the disease is still incomplete. Moreover, the recommended treatment, ribavirin, does not seem to be sufficiently effective in managing patients. Since the major epidemic of 2014-2016, EVD has been occurring in epidemic waves in West and Central Africa, through animal transmission or relapse in a survivor. Despite the discovery of a specific treatment, many questions remain, particularly around supportive care and prevention of infection in contacts. Finally, the Covid-19 pandemic that has severely affected the entire planet for more than 2 years has specific implications on the African continent that need to be explored. Thanks to an unprecedented collaboration between an international medical NGO, ALIMA, and a clinical research team, the IDLIC team of the Inserm 1219 unit / PACCI, ANRS site in Côte d'Ivoire, several clinical research projects on EVDs have been set up in sub-Saharan Africa over the last 5 years. In this thesis, we will present some of the studies that have been carried out during this collaboration, on the 3 diseases mentioned above. This is a publication thesis, in which 4 publications and their perspectives will be presented. The LASCOPE (published in Lancet Global Health), EVISTA (under review in e-clinical Medicine) and COVISTA (published in The International Journal of Infectious Disease) studies are prospective cohorts describing the clinical and biological presentation and standard of care of patients with Lassa fever in Nigeria, EVD in the Democratic Republic of the Congo (DRC) and Covid-19 in Guinea and Burkina Faso, respectively. The fourth publication concerns a pilot study conducted in the DRC to assess the feasibility of post-exposure prophylaxis (PEP) with monoclonal antibodies in high-risk contacts of EVD (published in The International Journal of Infectious Disease). The perspectives of this thesis are multiple. Concerning Lassa fever, the main challenge is currently to identify a specific treatment that is effective and accessible in West African countries. To this end, a phase 2-3 adaptive trial is being set up in several West African countries. To combat the spread of EVD, a reflection on the available options in terms of PEP is underway at the international level. Finally, on Covid-19, therapeutic and vaccine trials are ongoing in sub-Saharan Africa.