Contribution à la paléoparasitologie du bassin méditerranéen antique : hygiène, alimentation et environnement : une approche microscopique et paléogénétique

Contribution to the paleoparasitology of the ancient Mediterranean basin : hygiene, diet and environment : a microscopic and paleogenetic approach

• Auteur / Autrice : Kevin Roche
• Direction : Alain Bouet, Olivier Dutour
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences Archéologiques
• Date : Soutenance le 23/09/2022
• Etablissement(s) : Bordeaux 3
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Montaigne-Humanités (Pessac, Gironde ; 2007-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Ausonius-Institut de recherche sur l'Antiquité et le Moyen âge (Pessac, Gironde)
• Jury : Président / Présidente : Laurence Cavalier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Alain Bouet, Olivier Dutour, Sophie Bouffier, Piers D. Mitchell, Céline Bon, Matthieu Le Bailly
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Sophie Bouffier, Piers D. Mitchell

Mots clés

Mots clés contrôlés

Paléoenvironnement

Paléogénétique

Holocène

Méditerranée (région)

Paléoparasitologie

Mots clés libres

Paléoparasitologie

Paléogénétique

Microscopie

ADNA

Antiquité

Grèce

Archéologie environnementale

Paleoparasitology

Paleogenetics

Microscopy

ADNA

Antiquity

Greece

Environmental archaeology

Résumé

La paléoparasitologie s’intéresse aux traces conservées de parasites, majoritairement en contexte archéologique. Cette thèse passe en revue les données actuellement disponibles concernant la détection de parasites dans le bassin méditerranéen durant l’Holocène. Cette revue permet de mettre en évidence le grand nombre de données publiées pour une large époque gréco-romaine, comparativement aux autres périodes, et la diversité des méthodes employées pour la détection de ces biorestes, ainsi que les zones et problématiques restant largement à explorer. Cela concerne notamment le besoin d’études exhaustives plutôt que ponctuelles, la recherche en contexte archéofunéraire, la systématisation de l’approche paléogénétique, et la recherche en archives naturelles « hors-sites ». Trois études de cas originales sont présentées en détails dans la suite du manuscrit, et s’inscrivant dans ce même contexte chrono-géographique : l’étude exhaustive des latrines de la ville de Délos, dans les Cyclades, à l’époque hellénistique et impériale ; l’étude de la population archéologique des sépultures tardo-antiques de catastrophe de la Galerie des Offices à Florence ; et l’étude de la tourbière d’Asi Gonia en Crète de l’époque romaine à nos jours. Ces contextes écologiques variés illustrent trois niveaux d’analyses complémentaires : le niveau collectif de l’espace urbain ; le niveau individuel d’une population archéologique ; l’archive naturelle témoignant de l’anthropisation d’un territoire. Sur deux de ces sites, l’approche combinée de la microscopie et de la paléogénétique a montré son grand intérêt et la nécessité d’implanter la recherche d’ADN ancien dans le diagnostic paléoparasitologique de routine.

Paleoparasitology is concerned with the preserved traces of parasites, mostly in archaeological contexts. This thesis reviews the currently available data concerning the detection of parasites in the Mediterranean basin during the Holocene. This review highlights the large amount of published data for a broad Greco-Roman period, compared to other periods, and the diversity of methods used for the detection of these biological remains, as well as the areas and issues that remain largely unexplored. These include the need for comprehensive rather than ad hoc studies, research in archaeofunerary contexts, the systematisation of the paleogenetic approach, and research in 'off-site' natural archives. Three original case studies are presented in detail in the remainder of the manuscript, all within this same chrono-geographical context: the comprehensive study of the latrines of the city of Delos, in the Cyclades, in Hellenistic and Imperial times; the study of the archaeological population of the Late Antique catastrophe burials under the Uffizi Gallery in Florence; and the study of the Asi Gonia peat bog in Crete from Roman times to the present. These varied ecological contexts illustrate three complementary levels of analysis: the collective level of the urban space; the individual level of an archaeological population; the natural archive testifying to the anthropisation of a territory. On two of these sites, the combined approach of microscopy and palaeogenetics has shown its great interest and the need to implement ancient DNA research in routine paleoparasitological diagnosis.