Etude ''One Health'' des réservoirs animaux et environnementaux d'entérobactéries résistantes aux C3G en Guadeloupe.

“One Health'' study of animal and environmental reservoirs of C3G-resistant enterobacteria in Guadeloupe

• Auteur / Autrice : Gaelle Gruel
• Direction : Sébastien Breurec
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moleculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance le 21/01/2022
• Etablissement(s) : Antilles
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Milieu insulaire tropical à risques : protection, valorisation , santé et développement (Pointe-à-Pitre)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut Pasteur (Abymes - Guadeloupe)
• Partenaire(s) de recherche : Conseil régional : Guadeloupe (Région). Conseil régional
• Jury : Président / Présidente : Olivier Gros
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Sébastien Breurec, Olivier Gros, Josette Raymond, Benoît Garin, Véronique Baccini, Sylvie Lecollinet
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Josette Raymond, Benoît Garin

Mots clés

Mots clés contrôlés

Élevage

Santé

Animaux domestiques

Mots clés libres

Entérobactéries

Antibiorésistance

Réservoirs

Santé humaine

Santé animale

Enterobacteriaceae

Antimicrobial resistance

Livestock

Human health

Animal health

Résumé

La résistance aux antibiotiques est devenue un problème majeur de santé publique à travers le monde pouvant conduire à une impasse thérapeutique. Les entérobactéries, hôtes naturels du tube digestif de l’homme et des animaux, ont particulièrement subi cette pression de sélection antibiotique et ont acquis de nombreux mécanismes de résistance. Nous avons voulu étudier ces aspects à l’échelle locale en effectuant une cartographie « One Health » (OH) de la situation de la résistance aux antimicrobiens chez les animaux d’élevage et domestiques de Guadeloupe, en utilisant E. coli productrice de BLSE comme espèce indicatrice. De par son caractère insulaire et ses liens étroits avec les pays et territoires voisins (Caraïbes, Etats-Unis et Europe), la Guadeloupe est exposée à l'introduction de souches potentiellement multirésistantes aux antibiotiques et constitue ainsi une zone d’étude propice à ce type d’approche. Grâce à ce travail de thèse, nous avons pu conclure à i) l’existence de barrières écologiques relativement étanches entre les réservoirs environnementaux et animaux de Guadeloupe et ii) à un faible risque de contamination de la population locale à partir de ces réservoirs. Cependant, l’incidence des infections à E-BLSE en milieu hospitalier est préoccupante (7,6 pour 1000 jours-patients) au CHU de Guadeloupe. Nous proposons un ordre de priorité des actions à mener dans la lutte OH contre la résistance aux antimicrobiens consistant en i) l’application de mesures visant à diminuer drastiquement l’incidence des infections nosocomiales à E-BLSE et en ii) la mise en place d’actions OH visant à améliorer la surveillance des réservoirs d’E-BLSE animaux et environnementaux.

Antimicrobial resistance has become a major public health problem worldwide that can lead to therapeutic impasse. Enterobacteriaceae, natural hosts of the digestive tract of humans and animals, have been particularly affected by this antibiotic selection pressure and have acquired numerous resistance mechanisms. We wanted to study these aspects on a local scale by performing a ''One Health'' (OH) mapping of the antimicrobial resistance situation in livestock and domestic animals in Guadeloupe, using ESBL-producing E. coli as an indicator species. Due to its insular character and its close links with neighboring countries and territories (Caribbean, United States and Europe), Guadeloupe is exposed to the introduction of potentially multiresistant strains to antibiotics and thus constitutes a suitable study area for this type of approach. Thanks to this thesis, we were able to conclude that i) there are relatively tight ecological barriers between the environmental and animal reservoirs in Guadeloupe and ii) there is little risk of contamination of the local population from these reservoirs. However, the incidence of E-BLSE infections in hospitals is worrying (7.6 per 1000 days-patient) at the University Hospital of Guadeloupe. We propose a prioritization of actions to be carried out in the fight OH against antimicrobial resistance consisting of i) the application of measures aiming at drastically decreasing the incidence of nosocomial E-BLSE infections and ii) the implementation of OH actions aiming at improving the surveillance of animal and environmental reservoirs of E-BLSE.