Répartition des communautés de foraminifères dans les estuaires de la façade atlantique

Distribution of foraminiferal communities in estuaries of the French Atlantic coast

• Auteur / Autrice : Marie Fouet
• Direction : Franciscus Jorissen, Magali Schweizer
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Ecologie marine
• Date : Soutenance le 14/12/2022
• Etablissement(s) : Angers
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la mer et du littoral (Plouzané)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de Planétologie et Géosciences (Nantes) - Laboratoire de Planétologie et Géosciences [UMR_C 6112] / LPG
• Jury : Président / Présidente : Hélène Howa
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Christine Dupuy
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Vincent Bouchet, Peter Frenzel

Mots clés

Mots clés contrôlés

Indicateurs biologiques

Ammonia

Écologie

Foraminifères

Atlantique, Côte de l' (France)

Estuaires

Vase (dépôt)

Mots clés libres

Vasières estuariennes

Biomonitoring

Impact anthropique

Paramètres environnementaux

Estuarine mudflats

Foraminifera

Biomonitoring

Anthropogenic impact

Environmental parameters

Ammonia

Résumé

Les estuaires sont des habitats complexes, présentant des conditions fluctuant selon les cycles de marée et les crues du fleuve. Les organismes peuplant ces milieux sont exposés à des variations extrêmes des paramètres environnementaux. De ce fait, les communautés estuariennes sont caractérisées par une faible diversité et une majorité d’espèces tolérantes. Les estuaires sont aussi soumis à de fortes pressions anthropiques, qui peuvent encore amplifier le stress exercé sur les organismes. Pour cette raison, les indicateurs d’état écologique développés dans les milieux côtiers montrent systématiquement une mauvaise qualité écologique. Pour développer une méthode de bio-indication fiable, il est d’abord primordial de parfaitement comprendre la répartition naturelle des organismes. Pour répondre à cette problématique, nous avons étudié la répartition des communautés de foraminifères dans les vasières intertidales de neuf estuaires. Afin de synthétiser les relations entre les paramètres environnementaux et les caractéristiques des communautés de foraminifères, nous proposons trois nouveaux indices. L’indice MII reflète l’équilibre entre influence marine et fluviale pour un point donné dans un estuaire, au moment de l’échantillonnage. Nous avons observé une succession de quatre biozones, présentant des communautés typiques de chacune des parties de l’estuaire. Nous proposons deux indices biotiques (EFI et EFDI) qui décrive quantitativement la position de la communauté observée dans cette succession. La comparaison du MII avec l’EFI et l’EFDI devrait permettre de reconnaitre des sites présentant un déséquilibre pouvant être le signe d’une perturbation anthropique. La deuxième partie de cette thèse se concentre sur trois espèces pseudocryptiques du genre Ammonia, un taxon majeur dans nos estuaires. D’abord, nous montrons de grandes différences de répartition biogéographique entre ces espèces, qui corroborent le caractère invasif d’Ammonia confertitesta. Ensuite, sur la base d’une investigation de deux carottes sédimentaires, nous montrons que l’introduction de cette espèce est beaucoup plus ancienne que généralement supposée, et remonte à plusieurs siècles. La répartition actuelle des trois espèces d’Ammonia montre que l’expansion spatiale de cette espèce invasive est toujours en progression. Les connaissances obtenues dans cette thèse permettent d’améliorer la compréhension de l’écologie des foraminifères dans les milieux estuariens et apportent ainsi une base pour le développement d’une méthode de bio-indication.

Estuaries are complex habitats, with fluctuating conditions according to tidal cycles and river floods. The organisms inhabiting these systems are exposed to extreme variations of environmental parameters. As a result, estuarine communities are characterised by low diversity and a majority of tolerant species. Estuaries are also subjected to strong anthropogenic pressure that can further increase the stress on organisms. For this reason, ecological status indicators developed in coastal environments systematically show poor ecological quality. In order to develop a reliable bio-indication method, it is first essential to fully understand the natural distribution of organisms. To achieve this, we studied the distribution of foraminiferal communities on intertidal mudflats of nine estuaries. To synthesise the relationships between environmental parameters and the characteristics of foraminiferal communities, we propose three new indices. The MII reflects the balance between marine and fluvial influence for a given point in an estuary at the time of sampling. We observed a succession of four biozones, with specific communities typical of each part of the estuary. We propose two biotic indices (EFI and EFDI) that quantitatively describe the position of the observed community on this succession. The comparison of the MII with the EFI and EFDI should allow to recognise sites with a deviation that may be indicative of a major anthropogenic disturbance. The second part of this thesis focuses on three pseudocryptic species of the genus Ammonia, a major taxon in our estuaries. First, we show large differences in biogeographic distribution between these species, which corroborate the invasive character of Ammonia confertitesta. Secondly, based on an investigation of two sediment cores, we show that the introduction of this species is much older than generally assumed, and dates back several centuries. The current distribution of the three Ammonia species shows that the spatial expansion of this invasive species is still in progress. The knowledge obtained in this thesis improves the understanding of the ecology of foraminifera in estuarine environments and thus provides a basis for the development of a bioindication method.