Recherche combinatoire guidée par apprentissage artificiel en chimie moléculaire
Auteur / Autrice : | Jules Leguy |
Direction : | Béatrice Duval, Benoit Da Mota, Thomas Cauchy |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Informatique |
Date : | Soutenance le 09/12/2022 |
Etablissement(s) : | Angers |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Mathématiques et sciences et technologies de l'information et de la communication (Rennes) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Laboratoire d'Etudes et de Recherche en Informatique d'Angers |
Jury : | Examinateurs / Examinatrices : Gaël Varoquaux |
Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-Claude Crivello, Laetitia Jourdan |
Mots clés
Mots clés libres
Résumé
La recherche de molécules satisfaisant des propriétés moléculaires cibles est un enjeu majeur en chimie moléculaire. Dans le cadre de cette thèse, nous cherchons à aborder en particulier des problèmes liés au domaine de la chimie des matériaux moléculaires organiques. Ces problèmes dépendent de fonctions d’évaluation des propriétés cibles dont le calcul est coûteux. Dans nos travaux, nous considérons la recherche de molécules satisfaisant des propriétés cibles comme un problème d’optimisation combinatoire de graphes moléculaires. Nous proposons un algorithme évolutionnaire générique et interprétable pour l’optimisation de propriétés moléculaires, et nous montrons qu’il permet d’optimiser avec succès de nombreuses propriétés. Nous proposons une approche par contrainte pour favoriser le réalisme des solutions générées. Nous définissons une méthode d’optimisation efficace pour la maximisation de la diversité moléculaire, basée sur notre algorithme évolutionnaire. Cela nous permet de générer un jeu de molécules très divers. Nous montrons également que l’objectif de diversité peut apporter un gain d’efficacité pour l’optimisation d’une propriété moléculaire cible. Finalement, nous proposons une approche d’optimisation boîte-noire basée sur un modèle de substitution qui est définie pour l’optimisation de propriétés coûteuses, et nous en menons une étude approfondie.