Isolement et identification des bactéries présentes dans l'environnement aquatique

Isolation and identification of bacteria found in the aquatic environment

• Auteur / Autrice : Sabah El Sawalhi
• Direction : Jean-Marc Rolain
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie santé. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 22/11/2022
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Mephi (Marseille) - Méditerranée Infection
• Jury : Président / Présidente : Philippe Colson
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Ziad Daoud, Marie Kempf

Mots clés

Mots clés contrôlés

Colistine

Carbapénèmes

Bactéries Gram négatives

Une seule santé

Milieu aquatique

Résistance aux antibiotiques

Mots clés libres

Résistance aux antibiotiques

Environnement aquatique

Concept de One Health

Antibiotic resistance

Aquatic environment

One Health concept

Résumé

La résistance aux antibiotiques est une préoccupation mondiale et elle est associée à une mortalité élevée. Cette résistance peut être transmissible entre l'homme, l'animal et l'environnement, sous l'égide du concept de « One Health ». Les gènes de résistance aux antibiotiques sont considérés comme des facteurs majeurs de transmission de cette résistance. En particulier, le milieu aquatique est considéré comme un réservoir de résistance aux antibiotiques, et il peut contribuer à la propagation et à la circulation des gènes de résistance aux antibiotiques. Cet environnement peut jouer un rôle dans l'augmentation des niveaux de ces gènes et peut stimuler leur transfert dans d'autres organismes. En plus d'être un moyen de diffusion de la résistance aux antibiotiques chez les animaux et les humains, l'environnement aquatique est considéré comme une voie par laquelle l'introduction de gènes de résistance aux antibiotiques apparaîtra dans les écosystèmes bactériens naturels. Dans notre travail, nous nous sommes intéressés à la propagation et à la circulation des gènes de résistance aux antibiotiques chez les bactéries Gram-négatives présentes dans le milieu aquatique à Marseille, France.Les objectifs de ma thèse étaient divisés en deux parties principales : (1) donner un aperçu de la propagation de la résistance aux antibiotiques dans les eaux usées, en se concentrant sur les pays méditerranéens ; et (2) réaliser une enquête épidémiologique sur le milieu aquatique à Marseille, en commençant par la détection des bactéries productrices de BLSE, des bactéries résistantes aux carbapénèmes et des bactéries résistantes à la colistine dans l'eau de mer, l'eau douce et les eaux usées.

Antibiotic resistance is a worldwide concern and it is associated with high mortality. This resistance can be transmissible between humans, animals and the environment, under the umbrella of “One Health”. Antibiotic resistance genes are considered as major factors in transmitting this resistance. Particularly, the aquatic environment is considered as a reservoir for antibiotic resistance, and it can help in the spread and the circulation of the antibiotic resistance genes (ARGs). This environment, including rivers, lakes, seawater and wastewater, may play a role in increasing the levels of ARGs and may stimulate the transfer of these genes into other organisms. Other than being a way of antibiotic resistance dissemination among animals and humans, the water environment is considered as a route by which the introductionof antibiotic resistance genes will appear in natural bacterial ecosystems. In our work, we were interested in the spread and the circulation of antibiotic resistance genes in Gram-negative bacteria present in the aquatic environment in Marseille, France.The objectives of my thesis were divided into two main parts: (1) to show an overview of the factors enhancing the development of antibiotic resistance in the environment, and the circulation of the antibiotic resistance in the wastewater, focusing on the Mediterranean countries; and (2) to do an epidemiological survey on the aquatic environment in Marseille, starting with the detection of ESBL-producing bacteria, carbapenem-resistant bacteria and colistin-resistant bacteria in seawater, freshwater and wastewater.