Taxonomie des dermatophytes du complexe Trichophyton rubrum

Taxonomy of dermatophytes of Trichophyton rubrum complex

• Auteur / Autrice : Jihane Kabtani
• Direction : Stéphane Ranque
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie santé. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 25/11/2022
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Vitrome (Marseille) - Méditerranée Infection
• Jury : Président / Présidente : Boualem Sendid
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Marie-Elisabeth Bougnoux
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-Philippe Bouchara, Ann Packeu

Mots clés

Mots clés contrôlés

Levures

Champignons

Phénotype

Génome

Mucorales

Génotype

Dermatophytes

Mots clés libres

Dermatophytes

Dermatophyties

Taxonomie

Génome

Génotype

Phénotype

Qpcr

Filamenteux

Mucorales

Levures

Dermatophytes

Dermatophyties

Taxonomy

Genome

Genotype

Phenotype

Qpcr

Filamentous

Mucorales

Yeasts

Résumé

L’avènement du séquençage à haut débit laisse présager une meilleure compréhension de la phylogénie des dermatophytes. Nous avons mené une revue de la littérature dans laquelle nous avons décrit et comparé les données issues de toutes les études publiées sur les génomes de dermatophytes. En premier lieu, nous avons réalisé une approche polyphasique. Les données génétiques de dix souches types du complexe Trichophyton rubrum ont été étudiées et comparées aux données phénotypiques. Nos résultats ont montré que certaines espèces génétiquement proches présentaient des caractères phénotypiques distincts. Dans une seconde partie, nous nous sommes intéressés à reconstituer l’évolution écologique d’une trentaine de souches de référence du complexe T. rubrum en analysant les génomes entiers. Le séquençage est encore en cours. La troisième partie de notre travail, visait à améliorer le diagnostic en routine des dermatophytoses. Nous avons essayé de développer un milieu de culture sélectif pour la croissance des dermatophytes. Trois colorants vitaux ont démontré une efficacité (Nigrosine, Orange II et Bromocresol pourpre), la validation de leur utilisation est en cours. Les performances de deux PCR en temps-réel pour le diagnostic des dermatophyties au Sénégal ont été comparées. La qPCR « maison » a été sélectionnée pour avoir présenté un indice de sensibilité plus élevé.Finalement, une procédure pour l’identification de nouvelles espèces combinant les caractères phénotypiques et génotypiques a été mise au point et appliquée à la description de quatre nouvelles espèces: Syncephalastrum massiliense, Syncephalastrum timoneanum, Coniochaeta massiliensis et Candida massiliensis.

The advent of high-throughput sequencing promises a better understanding of the phylogeny of dermatophytes. We conducted a literature review in which we described and compared data from all published studies on dermatophyte genomes. First, we performed a polyphasic approach. The genetic data of ten typical strains of the Trichophyton rubrum complex were studied and compared with the phenotypic data. Our results showed that some genetically related species show distinct phenotypic characteristics. In a second part, we were interested in reconstructing the ecological evolution of about thirty reference strains of the T. rubrum complex by analysing the entire genomes. The sequencing is still in progress. The third part of our work aimed at improving the routine diagnosis of dermatophytosis. We tried to develop a selective culture medium for the growth of dermatophytes. Three vital dyes have been shown to be effective (Nigrosine, Orange II and Bromocresol Purple), and validation of their use is in progress. The performance of two real-time PCRs for the diagnosis of dermatophytes in Senegal was compared. The ''in-house'' qPCR was selected for having a higher sensitivity index.Finally, a procedure for the identification of new species combining phenotypic and genotypic characters was developed and applied to the description of four new species: Syncephalastrum massiliense, Syncephalastrum timoneanum, Coniochaeta massiliensis and Candida massiliensis.