Thèse soutenue

Intégration de données multi-omiques et exploration visuelle interactive des données pour explorer la dynamique du système mitochondrial
FR  |  
EN
Accès à la thèse
Auteur / Autrice : Fabio Marchiano
Direction : Bianca HabermannSébastien Tempel
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génomique et Bioinformatique
Date : Soutenance le 18/02/2022
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM)
Jury : Président / Présidente : Bart Deplancke
Examinateurs / Examinatrices : Delphine Potier
Rapporteurs / Rapporteuses : Irène Papatheodorou, Arnaud Mourier

Résumé

FR  |  
EN

Les mitochondries sont des organites subcellulaires qui jouent un rôle central dans de nombreux processus cellulaires. Différents tissus, ainsi que différentes conditions de santé et d'âge se caractérisent par une différence dans la morphologie et la composition des mitochondries qui sont adaptées aux besoins de l'environnement cellulaire. Dans ce travail, j'ai appliqué une approche de biologie systémique pour modéliser les mitochondries, car ces organites sont largement distribués et ont un interactome relativement petit. Pour mieux comprendre la dynamique mitochondriale, nous avons développé la plate-forme mitoXplorer, qui intègre un interactome mitochondrial avec des données omiques. J'ai étendu les fonctionnalités de mitoXplorer, en creant une nouvelle version, mitoXplorer 2.0, qui permet de mieux comprendre l'interaction entre les mitochondries et leur environnement cellulaire. Dans cette mise à jour, j'ai ajouté plusieurs fonctionnalités d'analyse intégrative en aval qui permettent à mitoXplorer d'aller au-delà de la simple visualisation des données. L'une des nouveautés de mitoXplorer 2.0 permet d'identifier les régulateurs transcriptionnels des processus mitochondriaux. Cela a été rendu possible en combinant mitoXplorer avec AnnoMiner, un deuxieme outil que j'ai co-développé pendant ma thèse. AnnoMiner permet d'intégrer différentes données omiques, telles que l'épigénétique et l'occupation des facteurs de transcription avec des données transcriptomiques aidant à démêler la régulation des gènes. Avec mitoXplorer 2.0, les scientifiques disposent de la plateforme web la plus complète dédiée aux mitochondries à ce jour.