Reconstruction de réseaux biologiques interprétables à partir de données d'observation

Interpretable biological network reconstruction from observational data

• Auteur / Autrice : Honghao Li
• Direction : Hervé Isambert
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Science des données
• Date : Soutenance le 15/12/2021
• Etablissement(s) : Université Paris Cité
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Informatique, télécommunications et électronique de Paris (1992-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Physique des Cellules et Cancer (Paris ; 2024-....)
• Jury : Président / Présidente : Élisabeth Rémy
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Élisabeth Rémy, Loïc Paulevé, Salem Benferhat, Antoine Chambaz
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Loïc Paulevé, Salem Benferhat

Mots clés

Mots clés contrôlés

génétique

Tumeurs du sein

Réseaux de régulation génique

Algorithmes

Bioinformatique

Mots clés libres

Apprentissage de structures causales

Méthode basée sur des contraintes

Cohérence d’ensemble de séparation

Algorithme MIIC

Interprétabilité

Explicabilité

Extensibilité

Base de données SEER

Causal structure learning

Constraint-based method

Separating set consistency

MIIC algorithm

Interpretability

Explainability

Scalability

SEER database

Résumé

Cette thèse porte sur les méthodes basées sur des contraintes. Nous présentons comme exemple l’algorithme PC, pour lequel nous proposons une modification qui garantit la cohérence des ensembles de séparation, utilisés pendant l’étape de reconstruction du squelette pour supprimer les arêtes entre les variables conditionnellement indépendantes, par rapport au graphe final. Elle consiste à itérer l’algorithme d’apprentissage de structure tout en limitant la recherche des ensembles de séparation à ceux qui sont cohérents par rapport au graphe obtenu à la fin de l’itération précédente. La contrainte peut être posée avec une complexité de calcul limitée à l’aide de la décomposition en block-cut tree du squelette du graphe. La modification permet d’augmenter le rappel au prix de la précision des méthodes basées sur des contraintes, tout en conservant une performance globale similaire ou supérieure. Elle améliore également l’interprétabilité et l’explicabilité du modèle graphique obtenu. Nous présentons ensuite la méthode basée sur des contraintes MIIC, récemment développée, qui adopte les idées du cadre du maximum de vraisemblance pour améliorer la robustesse et la performance du graphe obtenu. Nous discutons les caractéristiques et les limites de MIIC, et proposons plusieurs modifications qui mettent l’accent sur l’interprétabilité du graphe obtenu et l’extensibilité de l’algorithme. En particulier, nous mettons en œuvre l’approche itérative pour renforcer la cohérence de l’ensemble de séparation, nous optons pour une règle d’orientation conservatrice et nous utilisons la probabilité d’orientation de MIIC pour étendre la notation des arêtes dans le graphe final afin d’illustrer différentes relations causales. L’algorithme MIIC est appliqué à un ensemble de données d’environ 400 000 dossiers de cancer du sein provenant de la base de données SEER, comme benchmark à grande échelle dans la vie réelle.

This thesis is focused on constraint-based methods, one of the basic types of causal structure learning algorithm. We use PC algorithm as a representative, for which we propose a simple and general modification that is applicable to any PC-derived methods. The modification ensures that all separating sets used during the skeleton reconstruction step to remove edges between conditionally independent variables remain consistent with respect to the final graph. It consists in iterating the structure learning algorithm while restricting the search of separating sets to those that are consistent with respect to the graph obtained at the end of the previous iteration. The restriction can be achieved with limited computational complexity with the help of block-cut tree decomposition of the graph skeleton. The enforcement of separating set consistency is found to increase the recall of constraint-based methods at the cost of precision, while keeping similar or better overall performance. It also improves the interpretability and explainability of the obtained graphical model. We then introduce the recently developed constraint-based method MIIC, which adopts ideas from the maximum likelihood framework to improve the robustness and overall performance of the obtained graph. We discuss the characteristics and the limitations of MIIC, and propose several modifications that emphasize the interpretability of the obtained graph and the scalability of the algorithm. In particular, we implement the iterative approach to enforce separating set consistency, and opt for a conservative rule of orientation, and exploit the orientation probability feature of MIIC to extend the edge notation in the final graph to illustrate different causal implications. The MIIC algorithm is applied to a dataset of about 400 000 breast cancer records from the SEER database, as a large-scale real-life benchmark.