Dissection des spécificités fonctionnelles des facteurs de transcription de la famille d’Ikaros au cours du développement précoce des lymphocytes B

Dissection of the functional specificities of the Ikaros family of transcription factors during early B cell development

• Auteur / Autrice : Marie-Céline Deau
• Direction : Susan Chan
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Immunologie
• Date : Soutenance le 26/03/2021
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Frédéric Coin
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Ana Cumano, Jean-Christophe Bories

Mots clés

Mots clés contrôlés

Protéines de liaison à l'ADN

Dimères

Lymphocytes B

Facteurs de transcription

Mots clés libres

Ikaros

Aiolos

Dimérisation

Lymphocytes B

Différenciation

Ikaros

Aiolos

Dimerization

B cells

Differentiation

Résumé

Bien que beaucoup de facteurs de transcription puissent former des homo- et hétérodimères, les fonctions de ces derniers ne sont pas clairement identifiées. Nous avons adressé cette question pour les facteurs de transcription de la famille d’Ikaros exprimés au cours de la différenciation des lymphocytes B : Ikaros et Aiolos. Ces facteurs possèdent un domaine de dimérisation permettant la formation d’homo-et d’hétérodimères. Pour définir le rôle des différents dimères dans la différenciation des lymphocytes pré-B, nous avons utilisé une lignée de lymphocytes pré-B murins déficients pour Ikaros. Nous avons analysé les profils de liaison à l’ADN des différents dimères et nous avons montré que l’homodimère d’Ikaros se lie à peu de régions sur le génome et que ces régions sont également liées par l’homodimère d’Aiolos et l’hétérodimère Ikaros/Aiolos. Il est possible qu’Ikaros se dimérise préférentiellement avec Aiolos dès que celui-ci est exprimé. Cette étude montre pour la première fois des différences fonctionnelles majeures entre les membres de la famille d’Ikaros et suggère que les hétérodimères puissent être les médiateurs clés de leurs fonctions.

Even if many transcription factors function as homo- or heterodimers, it is still unknow how different patterns of dimerization shape their function. We addressed this question for the Ikaros family members Ikaros and Aiolos in early B cells. These two factors are expressed during B lymphopoiesis. These proteins have a dimerization domain allowing homo and heterodimers formation. To define the role of these dimers we used the Ikaros-deficient pre-B cell line BH1 in which we expressed pairs of these factors. We mapped the genome wide binding of each homo- and heterodimer, by ChIP-sequencing. Our data show differences in the binding patterns of the different dimers. Actually, it seems that Ikaros homodimers bind specifically a few numbers of regions and most of them are also bound by the homodimers of Aiolos and the heterodimers formed by Ikaros and Aiolos. It is believed that Ikaros preferentially dimerizes with Aiolos as soon as the latter is expressed and functions more efficiently as a heterodimer than as a homodimer. This study provides new insights into the specific and redundant functions of Ikaros family members.