Exploration par chémographie des espaces chimiques ultra-larges pour la chimie médicinale
Auteur / Autrice : | Yuliana Zabolotna |
Direction : | Dragos Horvath, Alexandre Varnek |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Chimie informatique et théorique |
Date : | Soutenance le 17/09/2021 |
Etablissement(s) : | Strasbourg |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Chimie de la matière complexe (Strasbourg) |
Jury : | Président / Présidente : Olivier Taboureau |
Examinateurs / Examinatrices : Peter Ertl, Dmitriy Volochnyuk | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Olivier Taboureau, Dominique Douguet |
Mots clés
Résumé
Cette thèse est dédiée à l'analyse détaillée de l'espace chimique des chimiothèques ultra-larges à l’aide de l’approche GTM et au développement de ChemSpace Atlas – un outil en ligne conçu pour la navigation à travers des milliards de composés. L'efficacité et la polyfonctionnalité de la GTM ont permis de produire une image détaillée de l'espace chimique actuellement disponible pour les chimistes médicinaux. Plusieurs groupes de composés (fragment-, lead-, drug-, PPI- and NP-like, produits naturels, building blocks, et les bibliothèques codées par l'ADN) ont été systématiquement analysés à l'aide de la GTM hiérarchique. Les dizaines de milliers de cartes ainsi obtenues ont été utilisées comme base principale de l'atlas ChemSpace. Cet outil permet une exploration efficace de l'espace chimique ultra-large sous des angles différents : chimiotypes, diverses propriétés physicochimiques, activités biologiques, etc. En outre, la hiérarchie des cartes offre de multiples niveaux de détail : d'une vue globale de l'ensemble des données sur la carte universelle à la détection de motifs structurels dans des zones distinctes sur les cartes zoomées dédiées aux régions spécifiques.