Thèse soutenue

Etude génétique des populations de grandes nacres, Pinna nobilis, en Occitanie : identification de priorités de conservation dans un contexte de pandémie

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Auteur / Autrice : Claire Peyran
Direction : Serge Planes
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie marine et génétique des populations
Date : Soutenance le 16/07/2021
Etablissement(s) : Sorbonne université
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de l'environnement d'Île-de-France (Paris ; 1992-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre de recherches insulaires et observatoire de l’environnement (Moorea, Polynésie française ; Perpignan)
Jury : Président / Présidente : Éric Thiébaut
Examinateurs / Examinatrices : Emilie Boissin, Maite Vázquez Luis, Robert Bunet, Nardo Vicente
Rapporteurs / Rapporteuses : Sophie Arnaud-Haond, José Rafael García March

Résumé

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Les systèmes marins côtiers sont généralement discontinus et constitués d’une mosaïque de paysages sous-marins différents, créant ainsi des distributions parfois très fragmentées chez les espèces qui les colonisent. Les espèces marines côtières sont donc structurées en réseaux de populations connectées entre elles via la dispersion larvaire. Comprendre le fonctionnement et la connectivité entre les populations d’une espèce est indispensable pour adapter les stratégies de conservation. La grande nacre, Pinna nobilis, est une espèce endémique de la mer Méditerranée qui fait aujourd’hui face à une crise majeure qui menace sa survie. Depuis Octobre 2016, des mortalités de masse sont signalées sur ses populations, à travers toutes la mer Méditerranée, causées par un protozoaire parasite, Haplosporidium pinnae. Il s’agit d’un évènement sans précédent, que ce soit par le taux de mortalité (près de 100 %) ou la vitesse de propagation, et qui pourrait conduire à l’extinction de l’espèce. En se focalisant sur le littoral Occitan, cette thèse apporte des connaissances sur la biologie et l’écologie de l’espèce mais aussi sur son fonctionnement et les processus qui permettent le maintien de ses populations afin de proposer des priorités de conservation. Ainsi, nous avons mis en évidence la diversité d’habitats colonisés par l’espèce ainsi que l’importance des lagunes car elles abritent près de 90 % des grandes nacres, sur le littoral Occitan, et semblent servir d’habitat refuge à l’espèce en limitant l’infestation par le parasite. A l’aide de marqueurs microsatellites nouvellement développés, nous avons montré une structure génétique très homogène sur toute la côte, ce qui implique un certain niveau de connectivité et laisse penser qu’une grande partie de la diversité génétique de l’espèce reste préservée dans les lagunes. En se focalisant sur la population de la baie de Peyrefite, dans la Réserve Naturelle Marine de Cerbère-Banyuls, et grâce à une analyse de parenté, nous avons apporté des connaissances sur la dynamique démographique et les processus de repeuplement de l’espèce. L’ensemble de cette thèse permet de définir des recommandations qui seront utiles à la mise en place de mesures de conservation adaptées, indispensables pour la survie de l’espèce.