Thèse soutenue

Analyse du répertoire des récepteurs des lymphocytes B dans un contexte clinique : nouvelles approches pour le regroupement clonal, les études de diversité intra-clonale et la visualisation du répertoire
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Auteur / Autrice : Nika Abdollahi
Direction : Martin WeigtFrédéric Davi
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Bioinformatique
Date : Soutenance le 08/07/2021
Etablissement(s) : Sorbonne université
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Informatique, télécommunications et électronique de Paris
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Biologie computationnelle et quantitative (Paris ; 2011-....)
Jury : Président / Présidente : Alessandra Carbone
Examinateurs / Examinatrices : Thierry Mora, Michel Cogné, Juliana Silva Bernardes
Rapporteurs / Rapporteuses : Mathieu Giraud, Véronique Giudicelli

Résumé

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Le séquençage de nouvelle génération a permis aux chercheurs de réaliser des analyses approfondies du paysage du répertoire immunologique. Cependant, une préoccupation importante dans ces études est le coût informatique de l'analyse de millions de séquences avec une complexité, une variabilité et une capacité de mutation inhérentes, imposant des défis informatiques et nécessitant le développement de méthodes efficaces. Ce défi est encore plus évident dans le contexte clinique qui n'a pas nécessairement accès à des professionnels ayant des compétences informatiques ou des ressources informatiques robustes. Ainsi, l'objectif principal de cette thèse est de développer un ensemble d'outils dédiés qui seront utilisés dans l'environnement clinique, pour le diagnostic médical et les soins aux patients, et dans l'environnement de recherche, pour effectuer une analyse approfondie et à grande échelle du répertoire. Nous avons conçu et implémenté de multiples algorithmes et les avons rassemblés dans un pipeline interactif de visualisation du répertoire BCR afin de faciliter le processus d'intégration de l'analyse du répertoire BCR dans les pratiques médicales.