Les co-infections respiratoires du porc. Co-infections des cellules et des tissus respiratoires porcins par le virus de l’influenza A et le virus du syndrome dysgénésique et respiratoire porcin

Co-infections of porcine respiratory cells and tissues with the influenza A virus and the Porcine reproductive and respiratory syndrome virus

• Auteur / Autrice : Georges Saade
• Direction : François Meurens, Nicolas Bertho
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie, virologie et parasitologie
• Date : Soutenance le 29/01/2021
• Etablissement(s) : Nantes, Ecole nationale vétérinaire
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022)
• Jury : Président / Présidente : Emmanuelle Moreau
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : François Meurens, Nicolas Bertho, Emmanuelle Moreau, Isabelle Schwartz-Cornil
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Benoit Muylkens, Laëtitia Trapp-Fragnet

Mots clés

Mots clés libres

Porc

Co-Infections

SwIAV

PRRSV

Interférence

Immunité innée

Pig

Coinfections

SwIAV

PRRSV

Interference

Innate immunity

Résumé

Les co-infections respiratoires chez le porc sont plus fréquentes que les infections causées par un seul micro-organismes. Dans un premier temps, un recensement des études sur les co-infections respiratoires porcines a permis de mettre à jour les connaissances sur ces co-infections virales et/ou bactériennes et de détailler les probables conséquences moléculaires sur l’hôte porcin. Le virus du syndrome dysgénésique et respiratoire porcin (ou Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus, PRRSV) et les virus responsables de l’influenza porcin A (swine Influenza A Virus, swIAV), sont des acteurs majeurs du complexe respiratoire porcin. Le swIAV infecte principalement les cellules épithéliales alors que le PRRSV infecte des cellules exprimant CD163 comme les macrophages alvéolaires (MA). Dans le but d’évaluer la réponse antivirale de l'hôte porcin et d'étudier l'effet d’une pré-infection par le PRRSV sur la réplication du swIAV, une série de co-infections et de surinfections a été effectuée sur des cellules épithéliales trachéales et sur des tranches pulmonaires fines. Les résultats montrent que le PRRSV est capable d'interférer avec l'infection par swIAV et d’altérer la réponse antivirale cellulaire sans infecter les cellules épithéliales. Cet effet du PRRSV parait moins important en augmentant le délai entre les inoculations virales. Finalement, une série d’expérimentations nous a permis d’identifier les agents pathogènes circulant chez des porcs provenant d’un abattoir local et d’évaluer l’effet des différentes infections bactériennes et virales résolues ou pas sur l’immunité entraînée des macrophages alvéolaires et leur capacité à répliquer les virus suite à une surinfection. Ces travaux contribuent à la compréhension de la réponse immune porcine suite aux co-infections respiratoires, pour une meilleure gestion des maladies respiratoire chez le porc.

Respiratory co-infections in pigs are more common than infections caused by a single pathogen. First of all, we identified the viral and bacterial porcine co-infections studies and we detailed the possible molecular consequences on the porcine host. The porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) and the swine Influenza A Virus (swIAV), are major contributors to the porcine respiratory disease complex. SwIAV primarily infects epithelial cells while PRRSV infects cells expressing CD163 such as alveolar macrophages (AM). In order to evaluate the antiviral response of the porcine host and to study the effect of a pre-infection with PRRSV on the replication of swIAV, a series of co-infections and superinfections were carried out on tracheal epithelial cells and precision-cut lung slices. The results showed that PRRSV can interfere with swIAV infection and alter the cellular antiviral response without infecting epithelial cells. This effect of PRRSV appears to be less important following an increase in the delay between viral inoculations. Finally, a series of experiments enabled us to identify the pathogens circulating in pigs from a local slaughterhouse and to assess the effect of the various bacterial and viral infections, on the alveolar macrophages trained immunity and their ability to replicate viruses in case of superinfection. This study contributes to the understanding of porcine immune response to respiratory coinfections for a better management of respiratory diseases in swine.