Identification et cartographie des métabolites secondaires de nouvelles souches de levures tropicales.

Identification and cartography of secondary metabolites from new tropical yeast strains

• Auteur / Autrice : Olivier Perruchon
• Direction : Abdelhakim El Omri
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie
• Date : Soutenance le 10/12/2021
• Etablissement(s) : Normandie
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale normande de chimie (Caen)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Chimie organique, bioorganique : réactivité et analyse (Mont-Saint-Aignan, Seine-Maritime ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Etablissement de préparation de la thèse : Université de Rouen Normandie (1966-....)
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Soizic Prado, David Touboul, Carlos Afonso, Pierre Champy, Isabelle Schmitz-Afonso
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Soizic Prado, David Touboul

Mots clés

Mots clés contrôlés

Spectrométrie de résonance cyclotronique ionique

Champignons unicellulaires

Spectrométrie de masse

Chromatographie en phase liquide à hautes performances

Métabolomique

Mots clés libres

Déréplication

Métabolomique non ciblée

UHPLC-MS/MS

Réseaux moléculaires

FTICR-MS

Dereplication

Untargeted metabolomics

UHPLC-MS/MS

Molecular networking

FTICR-MS

Résumé

Cette thèse s’intitule « Identification et cartographie des métabolites secondaires de nouvelles souches de levures tropicales ». L’objectif principal est le développement d’une méthodologie de déréplication pour l’exploration des métabolites secondaires extraits de cultures de champignons unicellulaires. La méthode développée fait intervenir la chromatographie liquide à ultra-haute performance couplée à la spectrométrie de masse avec l’outil des réseaux moléculaires en complémentarité de la spectrométrie de masse à ultra-haute résolution. La méthodologie permet d’annoter les métabolites détectés par le procédé analytique, c’est-à-dire formuler des hypothèses sur l’identité et la structure de nombreuses molécules produites par les nouvelles espèces de levures sur lesquelles elle est appliquée. De plus, des cartographies et profils métaboliques sont dressés grâce aux diagrammes et réseaux moléculaires construits. L’application de la méthodologie à de nouvelles souches de levures a permis l’annotation de plusieurs centaines de métabolites, parmi lesquels une large proportion d’alcaloïdes mais aussi des acides aminés, des terpénoïdes et des stérols.

This PhD thesis project is named “Identification and cartography of secondary metabolites from new tropical yeast strains”. The main objective is the development of a dereplication methodology and the application of it to the exploration of the secondary metabolites from unicellular fungal extracts. The developed method implies ultra-high-performance liquid chromatography hyphenated with mass spectrometry with the use of the molecular networking tool in combination with the ultra-high-resolution mass spectrometry. The methodology allows the annotation of the detected metabolites from acquired data, that is to say the formulation of hypotheses about the structure and identity of the numerous molecules produced by the analyzed yeast. Moreover, cartography and metabolic profiles are provided thanks to the built diagrams and molecular networks. The application of the methodology to new yeast strains led to the annotation of hundreds of metabolites, with a rich content in alkaloids, but also in amino-acids, terpenoids and sterols.