Identification d’anticorps par phage display pour des applications immunohistochimiques

Identification of antibodies by phage display for immunohistochemical applications

• Auteur / Autrice : Célestine Mairaville
• Direction : Pierre Martineau
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie Santé
• Date : Soutenance le 18/01/2021
• Etablissement(s) : Montpellier
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé (Montpellier ; 1992-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de Recherche en Cancérologie (Montpellier)
• Jury : Président / Présidente : Marie-Alix Poul
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Pierre Martineau, Marie-Alix Poul, Gisèle Clofent-Sanchez, Peter Kristensen, Nelly Pirot, Renaud Burrer
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Gisèle Clofent-Sanchez, Peter Kristensen

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bactériophages

Anticorps monoclonaux

Immunocytochimie

Mots clés libres

Sélection

Anticorps

Immunohistochimie

Phage display

Monoclonal

Selection

Antibody

Immunhistochemistry

Phage display

Monoclonal

Résumé

L’immunohistochimie (IHC) est une méthode utilisée en routine en recherche, mais aussi en clinique, où elle permet d’établir des diagnostics et de rechercher des marqueurs pronostics ou prédictifs de la réponse à un traitement. On parle dans ce dernier cas de tests diagnostiques compagnons, des tests cruciaux depuis l’essor des thérapies ciblées car ils améliorent le taux de réponse des patients, la sécurité et le bénéfice-risque associés au traitement. Les tissus fixés au formaldéhyde et inclus en paraffine (FFPE) sont les plus courants en IHC. Pourtant, ce type de fixation génère des ponts méthylène qui modifient chimiquement (« masquent ») les épitopes. Ceux-ci ne sont alors plus reconnus par la grande majorité des anticorps dirigés contre la forme native de la protéine, ce qui complique l’identification d’anticorps efficaces en IHC. L’objectif de ce projet était de développer une méthode innovante de sélection d’anticorps sur tissu FFPE à l’aide du phage display. Nous avons effectué des sélections sur tissus avec ou sans présélection sur protéine ou peptides, puis nous avons eu recours au séquençage nouvelle génération (NGS) pour cribler des milliers de clones. Les quelques clones retenus ont été testés directement en IHC, dans le format final (IgG de lapin). La plupart d’entre eux sont réactifs en IHC dans les conditions utilisées pour leur sélection et certains sont spécifiques du tissu positif contre lequel ils ont été sélectionnés. Ce travail ouvre de nouvelles perspectives pour l’identification totalement in vitro d’anticorps pour l’IHC.

Immunohistochemistry (IHC) is a method routinely used in research, but also in clinical practice, to establish diagnoses and look for prognostic or predictive markers of response to treatment. The latter are referred to as companion diagnostic tests, tests that have been crucial since the development of targeted therapies because they improve patient response rates, safety and the risk-benefit associated with treatment.Formaldehyde-fixed, paraffin-embedded tissues (FFPE) are the most common in IHC. However, this type of fixation generates methylene bridges that chemically modify (''mask'') the epitopes. The vast majority of antibodies directed against the native form of the protein are no longer able to recognize these masked epitopes, making it difficult to identify antibodies effective in IHC.The objective of this project was to develop an innovative method for selecting antibodies on FFPE tissue by phage display. We carried out on-tissue selections, with or without initial panning on protein or peptides. We then used next-generation sequencing (NGS) to screen thousands of clones. Few of them were produced and directly tested by IHC in the final format (rabbit IgG). Most of the tested clones were reactive by IHC in the conditions used for the selection. Some of them were specific of the positive tissue against which they were selected. This work opens up new perspectives for the in-vitro identification of antibodies for IHC.