Dissémination sous pression anthropique et de la saisonnalité de bactéries résistantes dans les fleuves du Liban

Dissemination under anthropogenic pressure and the seasonality of resistant bacteria in the Lebanese rivers

• Auteur / Autrice : Wadad Hobeika
• Direction : Christophe Dagot, Dolla Karam Sarkis
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Santé publique, épidémiologie, environnement et sociétés
• Date : Soutenance le 16/12/2021
• Etablissement(s) : Limoges en cotutelle avec Université Saint-Joseph (Beyrouth)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences Biologiques et Santé (Limoges ; 2018-2022)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (Limoges)
• Jury : Président / Présidente : Marie-Cécile Ploy
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Christophe Dagot, Dolla Karam Sarkis, Gaby Khalaf, Carole Ayoub-Moubareck
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Fabienne Petit, Thomas Guillard

Mots clés

Mots clés contrôlés

Cours d'eau -- Liban

Contamination

Bactéries pathogènes

Mots clés libres

BRAs

GRA

Indicateurs

Fleuves

Estuaires

Liban

Pression anthropique

BRAs

GRA

Indicators

Rivers

Estuaries

Lebanon

Anthropic pressure

Résumé

L’évaluation de la contamination des fleuves majeurs au Liban par des bactéries résistantes aux agents antimicrobiens (BRAs) et des bactéries pathogènes à haut risque a été effectuée à travers des méthodes de culture standard en hiver 2018. Ainsi, la détection d’Enterobacterales et de Pseudomonas spp. résistants et de Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline (SARM) a permis de déterminer des points sous haute pression anthropique de la (des) source(s) jusqu’aux estuaires des fleuves majeurs. Les estuaires de ces fleuves et des souches d’Enterobacterales sécrétrices de β-lactamase à spectre étendu isolées dans ces estuaires ont en plus fait l’objet d’une recherche du résistome à deux saisons différentes (au printemps et en hiver) par qPCR à haut débit. Deux indicateurs viraux de contamination fécale humaine, le crAssphage et le Torque Teno virus (TTV), ont été recherchés aux deux saisons au niveau des estuaires pour étudier l’association entre l’abondance en gènes de résistance aux agents antimicrobiens (GRAs) et la contamination fécale. L’approche combinée utilisant des techniques de culture et une qPCR à haut débit pour la détection de GRAs et de BRAs a permis d'identifier des points sous haute pression anthropique au niveau des fleuves majeurs libanais.

The contamination of the major Lebanese rivers with antimicrobial resistant bacteria (BRAs) and bacteria classified as high risk pathogens was evaluated using standard culture techniques in winter 2018. The detection of the resistant Enterobacterales and Pseudomonas spp. and the methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) from the sources to the estuaries of the major rivers enabled an identification of zones under high anthropogenic pressure. The resistome of the estuarine samples and the extended spectrum producing Enterobacterales strains isolated in the estuaries were also investigated in two different seasons (spring and winter) using high throughput qPCR. Two viral indicators of the human faecal contamination, the crAssphage and the Torque Teno virus (TTV), were targeted in the estuarine samples in both seasons to study the association between the abundance of antimicrobial resistance genes (GRAs) and faecal contamination. The combined approach using culture techniques and high throughput qPCR for the detection of GRAs and BRAs has identified zones under high anthropogenic pressure in the major Lebanese rivers.