Epidémiologie et transmission du parasite entérique Blastocystis sp. en Afrique et au Moyen Orient

Epidemiology and transmission of the enteric parasite Blastocystis sp. in Africa and the Middle East

• Auteur / Autrice : Salma Khaled
• Direction : Eric Viscogliosi, Fouad Dabboussi
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Parasitologie
• Date : Soutenance le 21/05/2021
• Etablissement(s) : Université de Lille (2018-2021) en cotutelle avec Université Libanaise
• Ecole(s) doctorale(s) : École graduée Biologie-Santé (Lille ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Center for Infection and Immunity of Lille

Mots clés

Mots clés contrôlés

Interactions hôte-parasite

Épidémiologie moléculaire

épidémiologie

Blastocystis

Relations hôte-parasite

Moyen-Orient

Épidémiologie moléculaire

Afrique

Épidémiologie

Blastocyste

Mots clés libres

Blastocystis

Epidémiologie moléculaire

Population humaine

Zoonose

Moyen Orient

Afrique

Blastocystis

Molecular epidmiology

Human population

Zoonosis

Middle East

Africa

Résumé

Blastocystis sp. est un protozoaire entérique parasitant fréquemment l’Homme et de nombreux groupes d’animaux. Malgré son impact majeur en santé publique, encore trop peu de données concernant la prévalence et la distribution des sous-types (STs) de Blastocystis sp. sont disponibles dans la littérature pour certaines régions du monde comme l’Afrique et le Moyen-Orient. De plus, sa fréquence importante chez les animaux d’élevage pose naturellement la question de son potentiel zoonotique qui se doit d’être évalué par exemple pour le bétail. Aussi, dans une première étude, Blastocystis sp. a été recherché par PCR en temps réel dans un grand nombre d’échantillons de selles collectés au sein d’écoliers sénégalais dans le cadre de ce qui représente la plus large enquête épidémiologique jamais menée en Afrique. La prévalence rapportée atteint les 80% témoignant ainsi d’une circulation très active du parasite dans cette région du globe en lien avec des conditions sanitaires et d’hygiène précaires. Le sous-typage des isolats correspondants par séquençage montre une prédominance du ST2 suivi des ST1, ST3, ST7, ST10 et ST14. C’est la première identification dans la population humaine des ST10 et ST14 qui sont fréquents chez les bovins. Plus globalement, les isolats d’origine animale (ST7, ST10 et ST14) sont en nombre limité en Afrique suggérant un faible risque de transmission zoonotique. L’étude de la diversité génétique intra-ST des ST1, ST2 et ST3 confirme que le ST3 est principalement transmis par voie interhumaine alors que différentes sources de transmission existent pour les ST1 et ST2. Une seconde étude révèle que la prévalence de Blastocystis sp. dépasse les 60% dans les élevages de vaches laitières au Nord-Liban. Ces premières données pour ce groupe d’animaux d’importance économique majeure dans ce pays posent la question de l’impact de cette infection dans la filière bovine. Le sous-typage des isolats indique la présence d’une grande variété de STs chez ces animaux couplée à une large prédominance des ST10 et ST14, confirmant que ces deux STs sont bien les STs adaptés aux bovins. La présence des autres STs est probablement liée à des contaminations opportunistes à partir de différentes sources humaines, animales ou environnementales. D’autre part, en comparant la distribution des STs du parasite chez ces animaux avec celle déterminée chez les éleveurs de ces bovins, un risque très limité de transmission zoonotique a pu être mis en évidence. La dernière enquête a quant à elle été conduite dans une cohorte de réfugiés syriens vivant dans plusieurs camps localisés au Nord-Liban. Elle représente la toute première étude portant sur la population syrienne complétant ainsi les données épidémiologiques disponibles pour Blastocystis sp. au Moyen-Orient. Dans cette population, la circulation du parasite est là encore très active puisque la prévalence du parasite excède les 60% avec une large prédominance du ST3 suivi du ST1, du ST2 et du ST10 (1 seul isolat). En comparant la prévalence du parasite observée dans les camps avec assainissement avec celle déterminée dans les camps sans assainissement, il est clair qu’un accès difficile à une eau potable et à de bonnes conditions sanitaires et d’hygiène favorise la transmission du parasite. D’autre part, l’analyse comparative de la diversité génétique intra-ST des ST1, ST2 et ST3 des isolats de cette cohorte de réfugiés et de ceux de la population locale du Nord-Liban suggère fortement que Blastocystis sp. est principalement transmis par la voie anthroponotique chez les réfugiés et que la circulation du parasite entre ces deux communautés est extrêmement limitée du fait de contacts très restreints. C’est à ce jour la seule étude s’étant intéressée au risque potentiel de transmission de Blastocystis sp. à une population locale via une vague de migration.

Blastocystis sp. is a frequent enteric protozoon parasitizing humans and numerous groups of animals. Despite its major public health impact, still a little data on the prevalence and subtypes (STs) distribution of Blastocystis sp. are available in certain regions of the world such as Africa and the Middle East. Moreover, its significant frequency in domestic animals raises naturally the question of its zoonotic potential, which needs to be assessed in livestock for example. Thus, in a first study, Blastocystis sp. was sought by real-time PCR in a large number of feces samples collected from Senegalese schoolchildren as part of what represents the largest epidemiological survey never conducted in Africa. The reported prevalence of the parasite reaches up to 80% in this geographical area of the world indicating its widespread and active circulation in link with precarious sanitary and hygienic conditions in this population. The subtyping of the corresponding isolates by sequencing shows a predominance of ST2 followed by ST1, ST3, ST7, ST10 and ST14. This is the first identification of ST10 and ST14 in the human population, both STs being common in cattle. More globally, there is a limited number of isolates of animal origin (ST7, ST10 and ST14) in Africa highlighting the low risk of zoonotic transmission. The study of the intra-ST genetic diversity of ST1, ST2 and ST3 confirms that ST3 is mainly transmitted by the inter-human route, whereas different sources of transmission exist for ST1 and ST2. A second study shows that the prevalence of Blastocystis sp. exceeds 60% in dairy cattle in Northern Lebanon. These first data for this group of animals of major economic importance in this country raise the question about the impact of this infection in the cattle production chain. The subtyping of isolates indicates the presence of a wide variety of STs in livestock coupled with a large predominance of ST10 and ST14, confirming that these two STs represent cattle-adapted STs. The presence of the other STs is probably related to opportunistic contamination from various human, animal, or even environmental sources. On the other hand, by comparing the ST distribution of the parasite in these animals and in-contact dairy farmers, very limited risk of zoonotic transmission has been highlighted. The last survey was conducted in a cohort of Syrian refugees living in several camps in Northern Lebanon. This represents the first study performed in the Syrian population, thus completing the epidemiological data available on Blastocystis sp. in the Middle East. In this population, the circulation of the parasite is again very active since the prevalence of Blastocystis sp. exceeds 60% with a large predominance of ST3 followed by ST1, ST2 and ST10 (only 1 isolate). By comparing the prevalence of the parasite observed in camps with and without sanitation, it is clear that poor access to safe drinking water, sanitary and hygiene promotion favor the transmission of the parasite. On the other hand, the comparative analysis of the intra-ST genetic diversity of ST1, ST2 and ST3 isolates in this cohort of refugees and the local population in Northern Lebanon strongly suggests that Blastocystis sp. is mainly transmitted through the anthroponotic route in refugees and that the circulation of the parasite between these two communities is extremely limited due to very restricted contacts. To date, this is the only study investigating the potential risk of transmission of Blastocystis sp. to a local population through a flow of migrants.