Industrialisation des procédures d'analyses de données de séquençage pan-génomiques constitutionnelles
Auteur / Autrice : | Quentin Testard |
Direction : | Julien Thévenon |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie du développement oncogenèse |
Date : | Soutenance le 10/12/2021 |
Etablissement(s) : | Université Grenoble Alpes |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale chimie et science du vivant (Grenoble ; 199.-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Institut pour l'avancée des biosciences (Grenoble) |
Jury : | Président / Présidente : Pierre Ray |
Examinateurs / Examinatrices : Julien Thévenon, Nicolas Chatron, Véronique Geoffroy | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Marie de Tayrac, Christel Thauvin-Robinet |
Mots clés
Résumé
Le nombre de maladies rares est estimé à entre 5000 et 8000 pathologies distinctes. Elles sont individuellement rares puisque par définition elles affectent moins de 1 individu sur 2000 dans la population générale, mais leur nombre les rend collectivement fréquentes. En raison du nombre limité de patients atteints de certaines maladies et du manque de connaissances à leur sujet, le diagnostic pour les patients est souvent retardé.Plus de 80 % des maladies rares auraient une origine génétique, en grande majorité monogénique. La démocratisation des technologies de séquençage à haut débit depuis 2005 a permis l’acquisition massive de données génomiques que ce soit d’individus sains ou de patients. Pourtant, établir un diagnostic de maladie rare avec les technologies de biologie moléculaire actuelle reste difficile.L’application à échelle industrielle des analyses de séquençage d’exome et de génome associée avec l’augmentation constante des connaissances médicales représente un espoir concret pour apporter un diagnostic à la majorité des patients concernés par une maladie rare suspecte d’être génétique.Cette thèse s’est particulièrement intéressée à la mise en place de processus d’analyse de données de séquençage pangénomiques constitutionnelles selon les standards industriels et les bonnes pratiques en vigueur dans le domaine. Puis, à la détection de variations de nombre de copies à partir de données de séquençage d’exomes, analyse souvent inexplorée par de nombreux laboratoires.Enfin, cette thèse aura permis le développement et l’initiation de collaborations encore actives à ce jour. Cela s’est concrétisé par une étude ayant comme objet la détection de variations la détection somatique de petite taille dans un modèle in vitro de développement de cancer lié au microenvironnement cellulaire, la détection de variations structurales à l’aide de la technologie de séquençage novatrice Oxford Nanopore et la comparaison de méthodologies de priorisations de variations génétiques à l’aide de descriptions cliniques basées sur les termes HPO.