Caractérisation et distribution de Cryptocotyle, parasites des produits de la pêche, en Manche - mer du Nord

Characterisation and distribution of Cryptocotyle, parasites in fishery products, in English Channel - North Sea

• Auteur / Autrice : Maureen Duflot
• Direction : Mélanie Gay, Graziella Midelet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Agronomie, Productions animale et végétale, Agroalimentaire. Biologie de l'environnement, des populations, écologie
• Date : Soutenance le 13/12/2021
• Etablissement(s) : Littoral
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences, technologie et santé (Amiens)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort et de Boulogne-sur-Mer - Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail - Laboratoire de Boulogne sur mer
• Partenaire(s) de recherche : Financeur : Hauts-de-France. Conseil régional
• Jury : Président / Présidente : Rachid Amara
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jérôme Boissier, Pierre Sasal, Isabel Blasco-Costa
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jérôme Boissier, Pierre Sasal

Mots clés

Mots clés libres

Cryptocotyle

Poisson

Écosystèmes aquatiques

Manche Orientale

Mer du Nord

Parasite

Métacercaire

Cryptocotyle

Fish

Aquatic ecosystems

Eastern English Channel

North Sea

Parasite

Metacercariae

Résumé

Les parasites du genre Crytocotyles sont des trématodes potentiellement zoonotiques infestant mondialement plusieurs espèces de poisson. A ce jour, l'impact de Cryptocotyle sur la santé humaine reste inconnu. Par ailleurs, peu de publications décrivent les méthodes pour l'isolement, l'identification et peu de données sont disponibles sur la distribution de ces parasites au sein des poissons marins fréquemment consommés. Des outils ont été développés pour l'évaluation de l'infection, l'isolement des métacercaires de Cryptocotyle, incluant une optimisation de la digestion, une évaluation de la viabilité des métacercaires post morterm et l'identification des parasites. Une étude épidémiologique a été réalisée sur 7 espèces de poissons : le hareng (Clupea harengus), le sprat (Sprattus sprattus), le merlan (Merlangius merlangus), le tacaud (Trisopterus luscus), la limande (Limanda limanda), le flet (Platichthys flesus) et la plie (Pleuronectes platessa). Les échantillons ont été collectés au cours des campagnes International Bottom Trawl Survey (IBTS) en Manche Orientale et Mer du Nord en Janvier 2019 et 2020. Les infections par Cryptocotyle ont été estimées par un comptage des black spots sur l'ensemble de la surface du corps des individus. L'identification des métacercaires a été réalisée par des méthodes classiques, basées sur des observations microscopiques de leur morphologie, et par des méthodes moléculaires, basées sur des séquençages Sanger de fragments du gène mitochondrial cox1 et de la région ITS de l'ADN ribosomal. Les données morphologiques ont été comparées aux données de la littérature. Des arbres phylogénétiques incluant des séquences de référence ont été construits pour confirmer les identifications morphologiques et moléculaires. Les prévalences, intensités et abondances étaient variables en fonction des espèces de poissons et des zones de pêche. Cette étude constitue la première description de métacercaires de C.lingua et C.concava dans les écosystèmes de la Manche Orientale et de la Mer du Nord.

Parasite of the genus Cryptocotyle are potential zoonotic trematodes present worldwide in many fish species. So far, its impact on human health is still unknown. Moreover, few publications deal with its recovery, identification and distribution among commercially important fish. Tool development was carried out for quantification of Cryptocotyle infection, isolation, including optimization of digestion, assessment of viability of metacercariae post mortem, and identification of parasite. Then, an epidemiological study was performed on seven commercial fish species : herring (Clupea harengus), sprat (Sprattus sprattus), whiting (Merlangius merlangus), pout (Trisopterus luscus), dab (Limanda limanda), flounder (Platichthys flesus) and plaice (Pleuronectes platessa). The samples were collected during the sea campaign of the International Bottom Trawl Survey in the Eastern English Channel and the North Sea in January 2019 and 2020. Crytocotyle infection was estimated by counting black spots due to this parasite on the whole fish. Metacercariae were characterised by classical methods from a morphological point of view with microscopic observations and from a molecular perspective with Sanger sequencing of fragments of mtDNA cox1 gene and of rDNA ITS region. Morphological data were compared to available literature data. Phylogenetic trees including reference sequences were built to confirm morphological and molecular identifications. The prevalence, intensity and abundancy displayed differences between fish species and fishing areas. This survey constitutes the first description of C.lingua and C.concava metacercariae in the Eastern English Channel and North Sea ecosystems.