Le microbiote joue un rôle essentiel dans la santé et le développement de l’hôte, depuis ses premiers stades de vie. Avec le développement des techniques de séquençage de nouvelle génération, la compréhension des interactions complexes hôte - microbiote - environnement est devenue possible, notamment chez les invertébrés marins. Parmi ceux-ci, les échinodermes constituent un groupe taxonomique exclusivement marin et particulièrement intéressant par leur position phylogénétique. Parmi ceux-ci, les échinodermes constituent un groupe taxonimique exclusivement marin et particulièrement intéressant par leur position phylogénétique. L’objectif principal de cette thèse a porté sur la caractérisation des variations du microbiote de Holothuria forskali (Echinodermata, Holothuroidea) par metabarocding 16S, et ce, à plusieurs échelles. L’existence d’un microbiote spécifique associé à un hôte échinoderme, à un compartiment anatomique et à un stade de vie a été démontrée. Par ailleurs, ces microbiotes varient en fonction des paramètres de l’environnement, notamment de la niche écologique, mais aussi en fonction de l’état physiologique de l’hôte. En parallèle de ces travaux réalisés en métagénomique, le microbiote cultivable a été suivi et des souches ont été isolées afin de constituer une souchothèque d’intérêt pour l’aquaculture. Parmi ces souches, 142 souches antibactériennes ont été identifiées sur la base de leur ADNr 16S et sont affiliées majoritairement aux genres Pseudoalteromonas, Shewanella et Vibrio, très abondants dans les microbiomes marins.Ainsi, les travaux de thèse ont mis en exergue la spécificité et la plasticité des microbiotes chez l’hôte H. forskali, mais également l’existence d’un core microbiote résidentiel composé de genres bactériens marins ubiquistes, jouant très probablement un rôle essentiel dans l’homéostasie de l’holobionte.