Etude de virus émergents (Parvoviridae) associés aux gastroentérites au sud-est de la France

Study of emerging viruses (Parvoviridae) associated with gastroenteritis in the South-East of France

• Auteur / Autrice : Francis Girauld Simo Fouda
• Direction : Rémi Charrel, Pascal Delaunay
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie santé. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 07/12/2021
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité des virus émergents (Marseille) - Méditerranée Infection - Etablissement français du sang
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : France. Institut de recherche biomédicale des armées
• Jury : Président / Présidente : Audrey Dubot
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Alessandra Falchi, Dorothée Missé

Mots clés

Mots clés contrôlés

France (sud-est)

Gastroentérite

Parvoviridae

Métagénomique

Diarrhée

Mots clés libres

Bufavirus

Cutavirus

Bocavirus

Parvovirus4

Parvoviridae

Protoparvovirus

Sud-Est France

Marseille

Nice

Gastroentérite

Diarrhée

Bufavirus

Cutavirus

Bocavirus

Parvovirus4

Parvoviridae

Protoparvovirus

South-East France

Marseille

Nice

Gastroenteritis

Diarrhea

Résumé

La métagénomique et le séquençage haut débit ont révolutionné la découverte de nouveaux virus. L’objectif de ce travail de thèse était d’établir les caractéristiques des nouveaux parvovirus chez les patients du Sud-Est de la France et de développer des outils de génotypage de ces virus par des techniques de PCR en temps réel applicables en laboratoire de routine.L’amplification par PCR d’une portion du gène de la NS1 du bufavirus a permis de déterminer la prévalence relativement élevée de ce virus (3,6%) dans les échantillons de selles au Sud-Est de la France, et de confirmer la présence de son ADN dans le sang. Une mortalité plus élevée a été constatée chez les patients bufavirus positifs (p=0.034) ; ce virus pourrait établir une infection chronique. Les tests PCR ciblant les cutavirus (VP2), les bocavirus (NS1, NP1) et les parvovirus 4 (NS1) ont permis de constater des prévalences respectives de 0.7%, 0.4% et 0% dans les prélèvements de selles.L’analyse bioinformatique des séquences de la VP2 du bufavirus a permis de concevoir trois systèmes de PCR en temps réel ; ceux-ci ont montré que le bufavirus génotype 1 est prédominant dans la population étudiée, suivi par le génotype 3 et le génotype 2. La même approche a été utilisée pour le génotypage des cutavirus. Nous avons évalué les performances du test immunochromatographique Ridaquick Rotavirus/Adenovirus® utilisé en routine au CHU de Marseille. Si les performances pour les rotavirus sont satisfaisantes, l'utilisation d'un test moléculaire devait être recommandé pour l’adénovirus.Nous avons également rédigé une revue de littérature présentant la distribution des pathogènes responsables des gastroentérites en France.

Metagenomic and high-throughput sequencing techniques have revolutionized the discovery of new viruses. The objective of this thesis was to establish the characteristics of new parvoviruses in patients from the South-East of France and to develop tools for genotyping these viruses by real-time PCR techniques applicable in routine laboratories.PCR amplification of a portion of the bufavirus NS1 gene determined the relatively high prevalence of this virus (3.6%) in stool samples in southeastern France, and confirmed the presence of this virus DNA in blood. Higher mortality was found among bufavirus-positive patients (p=0.034), and this virus could establish a chronic infection. PCR tests targeting cutaviruses (VP2 gene), bocaviruses (NS1, NP1 genes) and parvovirus 4 (NS1 gene) found respective prevalences of 0.7%, 0.4% and 0% in stool specimens.Bioinformatics analysis of the bufavirus VP2 sequences allowed designing of three real-time PCR systems; these systems showed that genotype 1 is predominant in the study population, followed by genotype 3 and genotype 2. The same approach was used for cutavirus genotyping. We evaluated the performances of the Ridaquick Rotavirus/Adenovirus® immunochromatographic test used routinely at the Marseille University Hospital. If the performances for rotavirus are satisfactory, the use of a molecular test should be recommended for adenovirus. We also wrote a literature review presenting the distribution of pathogens responsible for gastroenteritis in France.