Thèse soutenue

Méthodes, procédures et techniques hyperbares pour l'étude des microorganismes du milieu profond en condition in situ
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Auteur / Autrice : Marc Garel
Direction : Christian Tamburini
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Océanographie
Date : Soutenance le 24/09/2021
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de l'Environnement (Aix-en-Provence)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Observatoire des Sciences de l’Univers - Institut Pythéas - Institut méditerranéen d'océanologie (MIO) (Marseille ; Toulon)
Jury : Président / Présidente : Philippe Cuny
Examinateurs / Examinatrices : Anaïs Cario
Rapporteurs / Rapporteuses : Ingrid Obernosterer, Urania Christaki

Résumé

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L'océan est profond, la majorité de son volume (> 80 %) se situant à une profondeur supérieure à 1000 m, et est peu échantillonné (< 0,01 %). Il est caractérisé par une pression hydrostatique élevée, une température basse, des nutriments inorganiques élevés et de faibles concentrations de carbone organique. L'apport de substrats est principalement issue production primaire sous forme de matière organique particulaire et dissoute. Les fractions particulaire et dissoute labile sont principalement consommées dans les eaux de surface par les procaryotes, et ne laissant qu’une fraction dite réfractaire comme seule source de carbone pour les procaryotes de la zone bathypélagique. La plupart des mesures d’activités métaboliques et de diversité des procaryotes bathypélagique sont généralement sous-estimées ne raison de la décompression des échantillons. Pour étudier les procaryotes dans les conditions in situ, nous disposons d'une technologie hyperbare qui peut être utilisé comme échantillonneur pressurisé prêt à l'emploi et capable de prélever, maintenir des échantillons dans des conditions in situ, mais également pour simuler l'augmentation de la pression hydrostatique. Les résultats mettent en lumière qu’en maintenant les conditions pression, il est possible d’échantillonner des microorganismes piezophile. Ces résultats confirment notre expérimentation sur la dégradation de matière organique dissoute de haut poids moléculaire par une communauté adaptée au milieu profond. Enfin, nous avons également montré l’importance des conditions environnementales pour étudier le devenir de la matière organique dans la colonne d’eau.