Détection, caractérisation et impact d 'ARN viroïde-like ou de virus de plantes chez l'homme

Detection, characterisation and impact of viroid-like small RNA, or plant viruses in humans

• Auteur / Autrice : Jessica Grace Faizath Bengone-Abogourin
• Direction : Philippe Colson, Eric Verdin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie santé. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 01/07/2021
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Mephi (Marseille) - Méditerranée Infection - Pathologie végétale (Unité de recherche INRA-Université d'Avignon)
• Jury : Président / Présidente : Florence Fenollar
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Éric Galiana, Franck Panabières

Mots clés

Mots clés contrôlés

Humains

Virologie

Agent delta

Tobamovirus

Viroïdes

Mots clés libres

Viroïdes

Viroïdes-Like RNA

Tobamovirus

Humains

MiRNAs

Plantes

Agent delta

Viroids

Viroid-Like RNA

Tobamovirus

Humans

Plants

Delta agent

Résumé

Du fait de la compartimentation marquée entre les domaines de la virologie humaine et animale d’une part et de la virologie végétale d’autre part, très peu d’études ont exploré ce champ. Ces travaux ont tenté d’apporter des éléments concernant la présence chez l’homme d’entités viroïde-like et des virus de plantes notamment les tobamovirus. Les viroïdes sont des entités uniques constituées d'un ARN nu, palindromique non codant court. Les viroïdes ou les éléments de type viroïde n'ont pas été décrits dans d'autres organismes que les plantes, ce qui suggère qu'ils ont été négligés. Ce type particulier d’acide nucléique infectieux pourrait possiblement en cas de présence chez l’homme interagir avec les acides nucléiques humains, notamment les ARN messagers, étant donné qu’il semble que leur mécanisme de pathogénicité chez les plantes soit lié à un phénomène d’interférence. D’un autre côté, le virus de la mosaïque de la tomate (ToMV) et le virus de la marbrure douce du poivron (PPMoV) sont des virus végétaux à ARN nu, en forme de bâtonnet qui ont été décrits chez les plantes, dans les produits alimentaires à base de piments et chez l’homme. L’interaction des tobamovirus, qui sont très résistants, avec les mammifères dont l’homme reste là encore un champ à explorer. Chez l'homme, l'agent delta, qui cause l'hépatite, contient un fragment de type viroïde dont on soupçonnerait d'être dérivé des viroïdes. Nous visons à détecter les éléments de type viroïde et des tobamovirus dans les échantillons cliniques et dans les sauces tomates. Des approches in silico et moléculaires comme le séquençage de nouvelle génération sont utilisées afin d'étudier leurs interactions chez l’humain.

Because of the marked compartmentalization between the fields of human and animal virology on the one hand and plant virology on the other, very few studies have explored this field. This work has attempted to provide elements concerning the presence in humans of viroid-like entities and plant viruses, notably tobamoviruses. Viroids are unique entities consisting of a naked, palindromic, non-coding short RNA. Viroids or viroid-like entities have not been described in organisms other than plants, suggesting that they have been neglected. This infectious nucleic acid could possibly, if present in humans, interact with human nucleic acids, especially messenger RNAs, as their mechanism of pathogenicity in plants appears to be related to an interference phenomenon. On the other hand, Tomato Mosaic Virus (ToMV) and Pepper Mild Mottle Virus (PPMoV) are non-enveloped RNA, rod-shaped plant viruses that have been described in plants, chili food based products and humans (saliva of smokers and some patients faeces). The interaction of tobamoviruses, which are highly resistant, with mammals, of which humans is still a field of study to be explored. In humans, the delta agent, which causes hepatitis, contains a viroid-like fragment suspected to be derived from viroids. We aim to detect viroids, viroid-like elements and tobamoviruses in clinical samples and in commercial tomatoes-based sauces. In silico approaches as well as molecular approaches including next generation sequencing are used to study their interactions in humans.