Epidémiologie des infections respiratoires (et autres infections) associées aux voyages internationaux

Epidemiology of respiratory infections (and other infections) associated with international travel

• Auteur / Autrice : Thi Loi Dao
• Direction : Philippe Gautret, Pierre Marty
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie santé. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 01/07/2021
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Vitrome (Marseille) - Méditerranée Infection
• Jury : Président / Présidente : Florence Fenollar
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Pierre Marty, Matthieu Million
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Michel Carles, Emmanuel Bottieau

Mots clés

Mots clés contrôlés

Circulation internationale des personnes

Grippe

SARS-CoV-2 (virus)

Maladies infectieuses

Analyse par cohorte

Mots clés libres

Voyage

Maladies infectieuses

Bactéries multi-Résistantes

SARS-CoV-2

Variants

Co-Infections

Grippe

Récurrence

Travel

Infectious diseases

Multi-Resistant bacteria

SARS-CoV-2

Variants

Co-Infections

Influenza

Recurrence

Résumé

Il s’agit d’une enquête de cohorte prospective mono-centrique menée pendant trois ans (2017-2019) auprès d'étudiants en médecine de la Faculté de Médecine de Marseille, partant en stage international pendant l'été. Nos résultats ont montré de fortes prévalences de symptômes gastro-intestinaux, respiratoires et vaginaux durant le voyage. Les résultats sur le portage des pathogènes digestifs ont montré que l’acquisition d’Escherichia coli était la plus fréquente. Une proportion de 29,3% des étudiants ont acquis des bactéries productrices de béta-lactamases à spectre élargi, 2,6% ont acquis une entérobactérie productrice de carbapénémase. La prévalence d’acquisition de gènes de résistance à la colistine chez les étudiants en médecine était de 6.8%. Un certain nombre de facteurs de risque ont été aussi identifiés. Les variants de SARS-CoV-2 confirmés par le séquençage des génomes complets chez les patients suivis à notre Institut et à l’APHM de mars 2020 à janvier 2021 ont été répertoriés. Des différences significatives d’âge, d’expression cliniques et de sévérité ont été mises en évidence en fonction des génotypes viraux prédominants à Marseille. Une revue de littérature a été réalisée mettant en évidence des différences de contagiosité selon les variants de SARS-CoV-2, mais l'association entre la mutation virale et la gravité de la maladie reste encore mal connue. Ces travaux ont été complétés par deux revues de la littérature. L’une a porté sur le portage prolongé (ou récurrence) de SARS-CoV-2 chez les patients hospitalisés. L’autre revue de littérature a porté sur les co-infections SARS-CoV-2-virus grippaux.

This is a single-center prospective cohort survey carried out over three years (2017-2019) among medical students from the Faculty of Medicine of Marseille, going on an international internship during the summer. Our results showed high prevalence of gastrointestinal, respiratory, and vaginal symptoms during travel. The results on the carriage of digestive pathogens showed that the acquisition of Escherichia coli was the most frequent. A proportion of 29.3% of the students acquired bacteria producing broad spectrum beta-lactamases, 2.6% acquired enterobacteria producing carbapenemase. The prevalence of acquisition of colistin resistance genes in medical students was 6.8%. The international medical internships were canceled in 2020 following the pandemic international health context linked to COVID-19 requiring a partial reorientation of the thesis work. The SARS-CoV-2 variants confirmed by whole genome sequencing in patients followed at our Institute and at the APHM from March 2020 to January 2021 have been listed. Significant differences in age, clinical expression and severity were demonstrated depending on the viral genotypes predominant during the different epidemic phases of the disease in Marseille. A review of the literature on this subject was carried out highlighting differences in infectivity according to SARS-CoV-2 variants, but the association between the viral mutation and the severity of the disease remains poorly understood. This work was supplemented by two reviews of the literature. One focused on prolonged carriage of SARS-CoV-2 in hospitalized patients. The other review of the literature looked at SARS-CoV-2-influenza virus co-infections.