Thèse soutenue

Partenaires moléculaires et fonctions circadiennes hypophysaires du long ARN non codant Neat1

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Auteur / Autrice : Audrey Jacq
Direction : Jean-Louis Franc
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie santé. Neurosciences
Date : Soutenance le 12/03/2021
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Institut de neurophysiopathologie
Jury : Président / Présidente : Santiago Rivera
Rapporteurs / Rapporteuses : Marie-Paule Felder-Schmittbuhl, Youssef Anouar

Résumé

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Pour s’adapter aux fluctuations quotidiennes de leur environnement, les organismes ont développé un système d’horloge interne qui oscille sur une période d'environ 24h. Ce système, qui est dit circadien, repose sur une expression rythmique de gènes. Les paraspeckles sont des structures nucléaires formées d’un long ARN non codant (lncRNA), Neat1, auquel s’associent plusieurs protéines de liaison aux ARN. Ces paraspeckles peuvent retenir dans le noyau des ARN de manière rythmique. En comparant des cellules avec et sans paraspeckles obtenues grâce à la technologie CRISPR-Cas9, nous avons pu déterminer que parmi les ~4500 ARNm rythmiques dans les cellules GH4C1, 15% ont une expression circadienne modulée par les paraspeckles. En étudiant la liaison de l’ARNm de la Calréticuline (Calr) aux paraspeckles, nous avons mis en évidence la présence d’un motif de 15 nucléotides permettant sa liaison à la protéine des paraspeckles HNRNPK ce qui entraine sa rétention nucléaire par les paraspeckles. Ce motif est retrouvé dans près de 30% des ARN cibles des paraspeckles. Finalement, nous avons aussi montré que le lncRNA Neat1 est lui aussi directement impliqué dans la liaison de certains des ARNm retenus dans les paraspeckles.En conclusion, l’ensemble des travaux réalisés nous a permis de montrer que les paraspeckles, en retenant les ARNm dans le noyau de manière circadienne, modulent l’expression circadienne de milliers de gènes dans les cellules hypophysaires GH4C1. Cette liaison des ARNm aux paraspeckles peut se faire tant par la liaison directe au lncRNA Neat1 que par la liaison à la protéine des paraspeckles HNRNPK reconnaissant un motif de 15 nucléotides présent dans les ARN.