Thèse soutenue

Vers une taxonomie intégrative pour la circonscription des espèces du genre Cecropia Loefl

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Auteur / Autrice : Xuan Bach Nguyen Le
Direction : Patrick Heuret
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé
Date : Soutenance le 04/12/2020
Etablissement(s) : Guyane
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Diversités, santé et développement en Amazonie (Cayenne)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Écologie des Forêts de Guyane (UMR EcoFoG) - Ecologie des forêts de Guyane / UMR ECOFOG
Jury : Président / Présidente : Régine Vignes-Lebbe
Examinateurs / Examinatrices : Olivier Hardy, Caroline Loup, Eric Marcon, Paul-Camilo Zalamea
Rapporteur / Rapporteuse : Julien Bachelier, Olivier Hardy

Résumé

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Le genre Néotropical Cecropia Loefl. regroupe des arbres pionniers qui colonisent les milieux ouverts et perturbés. Ils constituent un modèle d’étude dans des champs disciplinaires très variés. Malgré le volume et la diversité des recherches menées sur ce genre, il est paradoxal de constater que l’identification des espèces reste extrêmement difficile et constitue un frein à l’ensemble de ces études. La monographie de Berg & Franco-Rosselli (2005) retient 61 espèces et 2 sous-espèces. La circonscription proposée repose essentiellement sur des caractères morphologiques.L’objectif de thèse est d’organiser un cadre de travail par une série d’outils logiciels et analytiques pour i) extraire la substantifique moelle de la monographie par une approche numérique et ii) revoir la circonscription des espèces par une approche en taxonomie intégrative couplant taxonomie numérique et modèle de niches à une échelle continentale. Nos résultats montrent que la monographie est cohérente, avec des taxons bien séparés d’un point de vue morphologique, mais avec une mise en synonymie massive qui n’est pas argumentée. Notre analyse permet d’identifier les caractères les plus discriminants à utiliser en taxonomie numérique et permis de construire une clef d’identification multientrées pour le genre. La modélisation de la niche climatique montre un fort recouvrement entre les espèces et pas d’identité climatique réellement propre à l’une d’entre elles. Nous identifions également plusieurs espèces à haut potentiel invasif.Ce travail appelle à intégrer des approches en biologie moléculaire pour mieux comprendre la dynamique évolutive où l’hybridation fréquente génère un continuum morphologique