Thèse soutenue

Biogeographie des Maladies Infectieuses Émergentes
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Auteur / Autrice : Soushieta Jagadesh
Direction : Rodolphe GozlanMathieu Nacher
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Science de la vie et de la santé
Date : Soutenance le 13/03/2020
Etablissement(s) : Guyane
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Diversités, santé et développement en Amazonie (Cayenne)
Jury : Président / Présidente : Pierre Couppié
Examinateurs / Examinatrices : Antoine Adenis, Maylis Douine
Rapporteurs / Rapporteuses : Benjamin Roché, Tom Fletcher

Résumé

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La récente pandémie de Covid19 nous rappelle, si cela était encore nécessaire, que la propagation des maladies infectieuses ignore les frontières géographiques. Les changements combinés de biodiversité locale et l’utilisation des terres, l’augmentation de la connectivité internationale par le transport et le commerce ainsi que la menace imminente du changement climatique a accru le risque d’émergence et de réémergence des maladies infectieuses (EMI). Jusqu’à présent la réponse des politiques de santé publique a été la surveillance passive sans toutefois s’avérer réellement efficace dans la prévention et le contrôle des épidémies. Le choix qui a été fait ici est celui d’une nouvelle approche anticipative, par identification des zones à haut risques d’EMI en se basant sur la détection des facteurs environnementaux les plus favorisant. Parmi ces facteurs on trouve la conversion des terres, la diminution drastique de la biodiversité ou encore le changement climatique. Ainsi la méthode biogéographique a permis d’étudier et d’analyser les EMI à travers différents groupes de taxons de pathogènes comme les bactéries, les virus, les protozoaires et les champignons. L’étude a été portée globalement, ainsi que localement, en Guyane Française, un territoire français d’outre-mer situé en Amérique du Sud. Dans les deux cas, à travers les différents groupes de pathogènes, les risques d’inondation, les récentes conversions de parcelles de forêts en terres agro-minières et l’augmentation du minimum de température due au changement climatique se sont avérés être des facteurs significatifs dans l’émergence globale et locale des maladies infectieuses étudiées. Les principaux résultats de cette thèse sont les suivantes :1. Une approche biogéographique de modélisation de la distribution des EMI en utilisant les bases de données existantes sur les cas cliniques, l’imagerie satellite et un modèle statistique non conventionnel est efficace pour détecter précocement les régions à risque, permettre d’améliorer la prévention, et contrôler leur diffusion.2. Il est possible d’anticiper les EMI en identifiant et en gérant précocement les facteurs favorisant ayant un lien direct avec l’anthropisation de l’environnement.