Thèse soutenue

Etude de transferts horizontaux de matériel génétique entre virus et animaux

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Auteur / Autrice : Vincent Loiseau
Direction : Clément GilbertRichard Cordaux
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé
Date : Soutenance le 21/09/2020
Etablissement(s) : université Paris-Saclay
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants
Partenaire(s) de recherche : référent : Faculté des sciences d'Orsay
Laboratoire : Évolution, génomes, comportement et écologie (Gif-sur-Yvette, Essonne ; 2015-....)
Jury : Président / Présidente : Pierre Capy
Examinateurs / Examinatrices : Marie Fablet, Etienne Gaëtan Jacques Danchin, Laura Eme, Elisabeth Herniou
Rapporteurs / Rapporteuses : Marie Fablet, Etienne Gaëtan Jacques Danchin

Mots clés

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Résumé

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Les transferts horizontaux (TH) d’ADN sont de plus en plus reconnus comme un phénomène important dans l’évolution des métazoaires. La grande majorité des TH entre animaux implique des éléments transposables (ET), séquences génomiques égoïstes capables de se déplacer par transposition dans le génome et générer ainsi de multiples copies. Si ces TH d’ET semblent avoir un rôle prépondérant dans l’évolution des métazoaires, les mécanismes sous-tendant ces TH restent mal connus. Un des mécanismes possibles implique les virus qui pourraient être des vecteurs d’ADN entre les hôtes qu’ils infectent. Cette thèse contribue à évaluer cette hypothèse.Dans le premier Chapitre, nous avons étudié l’impact du stress provoqué par une infection virale sur l’activité des ET. Certains ET sont surexprimés au cours de l’infection, et certains sont aussi exprimés après leur insertion dans des génomes viraux.Dans le deuxième Chapitre, nous avons élargi le spectre des systèmes hôte-virus connus à ce jour dont les ET de l’hôte transposent dans les génomes viraux. L’analyse de 11 de ces systèmes a permis de découvrir neuf nouveaux systèmes dont des ET hôtes sont retrouvés dans les génomes du virus. Cette étude nous a permis d'inférer la capacité des ET portés par les génomes viraux à transposer vers d'autres génomes viraux, ce qui constitue un des résultats majeurs de cette thèse.Dans le troisième Chapitre, la construction d'un pipeline bioinformatique a permis de caractériser de nombreuses insertions complètes d’ET dans les génomes viraux, ainsi que la diversité des variants structuraux génomiques présents dans quatre populations de grands virus à ADN double-brin.Dans le dernier Chapitre, l’intégration d’un génome complet de rétrovirus murin dans le génome d’une lignée cellulaire humaine a été caractérisée, fournissant des résultats supplémentaires sur les TH de virus dans l’hôte.Dans l’ensemble ces travaux apportent un éclairage nouveau sur le rôle des virus dans les TH d’ADN chez les métazoaires.