Thèse soutenue

Mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de la réponse au stress chez Oenococcus oeni et évolution expérimentale
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Auteur / Autrice : Frédérique Julliat
Direction : Cosette GrandvaletStéphane Guyot
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biochimie et biologie moléculaire
Date : Soutenance le 17/02/2020
Etablissement(s) : Bourgogne Franche-Comté
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....)
Partenaire(s) de recherche : établissement de préparation : Université de Bourgogne (1970-....)
Laboratoire : Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM) (Dijon)
Jury : Président / Présidente : Laurent Beney
Examinateurs / Examinatrices : Cosette Grandvalet, Philippe Glaser
Rapporteurs / Rapporteuses : Sergi Ferrer, Dominique Schneider

Résumé

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Oenococcus oeni est la bactérie principalement responsable de la fermentation malolactique des vins. Cette bactérie lactique subsiste dans un environnement soumis à de nombreux stress inhérents au vin (présence d’éthanol, de sulfites, faibles pH et températures…). Afin de maintenir son homéostasie, O. oeni a mis en place des mécanismes de résistance vis-à-vis de sa niche écologique. Ce travail de recherche porte sur l’étude de la réponse adaptative de O. oeni à son environnement et tout particulièrement à l’acidité. Deux approches ont été mises en oeuvre (1) Une première approche ciblée afin de caractériser les acteurs moléculaires impliqués dans la régulation de la réponse générale au stress. La technique d’ARN interférence a permis de caractériser in vivo le represseur CtsR ainsi que deux gènes codant des protéines de la famille des Clp-ATPAses : ClpL1 et ClpL2. L’inhibition de l’expression de ces deux gènes suggère que ClpL1 agit avec une protéine accessoire dans le but de maintenir CtsR sous conformation active et que ClpL2 est impliquée dans la dégradation du répresseur en formant un complexe protéolytique avec la sous-unité ClpP. (2) La deuxième approche de ces travaux, complémentaire, consiste en une approche globale par la mise en place d’un processus d’évolution expérimentale. Quatre clones de la souche ATCC BAA-1163 ont permis d’initer quatres populations indépendantes qui ont été propagées pendant 20 mois (environ 550 générations) dans un environnement de plus en plus acide (pH 5,3 à 2,9). Le séquençage génomique des 4 populations indépendantes a permis d’identifier cinq locus, cibles systématiques de mutations potentiellement impliqués dans l'adaptation de O. oeni à l'acidité extrême de son environnement.