Identification des nouvelles protéines et ncRNA CTIP2 interactants dans les cellules microgliales

Identification of CTIP2 new proteins and ncRNAs interactants in microglial cells

• Auteur / Autrice : Marco de Rovere
• Direction : Olivier Rohr
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance le 02/12/2020
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Dynamique des interactions hôte pathogène (Strasbourg ; 2013-2023)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Christophe Paillart
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Anna Kula-Pacurar
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Georges Herbein, Céline Marban

Mots clés

Mots clés contrôlés

Transcription génétique

Dissertation universitaire

VIH-1 (Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1)

Mots clés libres

CTIP2

Bcl11b

PSF

SFPQ

VIH-1

Réservoir viral

ARN

CTIP2

Bcl11b

PSF

SFPQ

HIV-1,

Viral reservoir

RNA

Résumé

Le projet principal de cette thèse a suivi l'identification de nouvelles interactions de la protéine CTIP2 avec les ARN et les protéines. CTIP2 a été décrit par une expérience précédente effectuée dans notre laboratoire comme étant un régulateur négatif de la transcription des gènes du VIH-1 dans les cellules microgliales. Notre groupe a également réussi à décrire le CTIP2 faisant partie de deux complexes différents qui étaient capables d'induire et de maintenir un état répresseur sur le promoteur viral du provirus VIH-1 intégré et d'entraver sa réactivation. Avec ce projet, j'ai pu identifier une multitude de nouveaux partenaires et démarrer différents projets parallèles dans le but d'étudier l'interaction de ces protéines et ARN avec CTIP2 dans le cycle de réplication du VIH-1 et la latence virale. Parmi les résultats, nous avons pu décrire une forte interaction de CTIP2 avec la protéine PSF / SFPQ, trouver une forte colocalisation de ces deux protéines et identifier un effet intéressant des deux protéines ensemble dans la transcription des gènes du VIH-1. De plus, les deux protéines ont montré qu'elles partageaient une interaction avec d'autres protéines et ARN obtenus lors du premier criblage réalisé au début de ce projet. D'autres interactions intéressantes ont également été observées avec des protéines de la famille YTHDF reliant CTIP2 à la machinerie de modification post-transcriptionnelle sur les ARN tels que la modification N6-méthyladénosine portée par de nombreux ARN. Une autre série d'expériences issues du criblage initial de l'ARN interagissant avec CTIP2 a été réalisée pour confirmer l'interaction de ces protéines avec l'ARN nc avec des fonctions biologiques intéressantes telles que NEAT1, MALAT1, 7SK. MEG3, SNORD133 et U11.

The main project of this thesis followed the identification of new interactions of the protein CTIP2 with both RNAs and proteins. CTIP2 has been described by previous experiment done in our lab to be a negative regulator of the transcription of HIV-1 genes in microglial cells. Our group also managed to describe CTIP2 being part of two different complexes which were able to induce and maintain repressor state on the viral promoter of the integrated HIV-1 provirus and to hinder its reactivation. With this project I was able to identify a multitude of new partners and start different side projects with the aim to study the interplay of these proteins and RNAs with CTIP2 within the HIV-1 replication cycle and viral latency. Among the results we were able to describe a strong interaction of CTIP2 with the PSF/SFPQ protein, finding a strong colocalization of these two proteins and to identify interesting effect of the two proteins together in the transcription of the HIV-1 genes. Moreover, the two proteins showed to share interaction with other proteins and RNA obtained from the first screening performed at the beginning of this project. Other interesting interaction were also observed with proteins of the YTHDF family connecting CTIP2 to the post-transcriptional modification machinery on RNAs such as the N6-Methyladenosine modification carried by many RNAs. Another set of experiments spawned from the initial screening of RNA interacting with CTIP2 were performed to confirm the interaction of this proteins with nc RNA with interesting biological functions such as NEAT1, MALAT1, 7SK. MEG3, SNORD133 and U11.