Etude de l'interactome ARN-ARN chez Staphylococcus aureus : caractérisation, fonction et impact sur les réseaux de régulation

Study of Staphylococcus aureus RNA-RNA interactome : characterization, function and impact on regulatory networks

• Auteur / Autrice : Emma Desgranges
• Direction : Pascale Romby, Isabelle Caldelari Baumberger
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance le 17/09/2020
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Magali Frugier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Pascale Romby, Isabelle Caldelari Baumberger, Magali Frugier, Ciarán Condon, Francis Repoila
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Ciarán Condon

Mots clés

Mots clés contrôlés

Séquences d'acides nucléiques régulatrices

Aptamères nucléotidiques

Ligands (biochimie) -- Fixation

Métabolisme -- Régulation

Staphylocoque doré

Mots clés libres

Staphylococcus aureus

ARN régulateurs (sARN)

Métabolisme

Interactome

Staphylococcus aureus

Regulatory RNA (sRNA)

Metabolism

Interactome

Résumé

Mon projet de thèse a été de caractériser la fonction de deux sARN, appelés RsaG et RsaI de Staphylococcus aureus, un pathogène opportuniste de l’homme. RsaG est dérivé de la région 3’ non traduite de l’ARNm uhpT, codant pour un transporteur du glucose-6-phosphate, une source de carbone majeur. L’expression de RsaI, dépend également de la présence d’un autre sucre d’importance. En effet, RsaI est inhibé en présence de fortes concentrations de glucose. L’étude révèlent une interaction originale entre RsaI et RsaG. Les résultats semble également indiquer que l’expression de RsaI est une signature d’un changement métabolique qui s’opère chez S. aureus lorsque le glucose est épuisée du milieu. RsaG quant à lui, est apparu comme connectant l’homéostasie rédox avec l’adaptation métabolique. Deuxièmement, le projet avait aussi comme objectif d’établir une méthode pour cartographier l’ensemble des interactions ARN-ARN à l’échelle du génome de S. aureus, dans le but d’obtenir une vue globale de la physiologie de cet organisme.

The primary aim of the project was to characterize the function of two sRNAs, called RsaG and RsaI of Staphylococcus aureus, a human opportunistic pathogen. RsaG is a so-called 3’UTR derived sRNA because it is located in the 3’ untranslated region of the uhpT gene encoding a glucose-6-phosphate, a major carbon source. Then the expression of RsaI, also depends on the presence of another important sugar. Indeed, RsaI is inhibited in the presence of high concentrations of glucose. The study reveals an original interaction between RsaI and RsaG. The results also seem to indicate that that RsaI expression provides a signature for the bacterial metabolic switch when glucose is depleted. RsaG on the other hand appears to connect redox homeostasis and metabolism adaptation. Secondly, the project also attempts to establish an approach to map all RNA-RNA genome-wide interactions of S. aureus in order to obtain a global view of the physiology of this organism.