Le rôle du module de deubiquitination SAGA dans la régulation de la transcription

The role of SAGA deubiquitinase module in transcriptional regulation

• Auteur / Autrice : Fang Wang
• Direction : Laszlo Tora
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Développement et physiologie
• Date : Soutenance le 04/12/2020
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Izabela Sumara
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Laszlo Tora, Izabela Sumara, Matthieu Gérard, Tilman Borggrefe, Christel Brou
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Matthieu Gérard, Tilman Borggrefe

Mots clés

Mots clés contrôlés

Éléments de régulation transcriptionnelle

Transcription génétique

Dissertation universitaire

Développement embryonnaire

Mots clés libres

Régulation transcriptionnelle

Développement embryonnaire

ATXN7L3

H2Bub1

Pol II

Transcriptional regulation

Embryonic development

ATXN7L3

H2Bub

Pol II

Résumé

L’ensemble des protéines du DUBm de SAGA sont requises pour le clivage de molécules d’histones H2Bub1, nous étudions le rôle du DUBm de SAGA dans la régulation de la transcription. Nous avons démontré que la protéine ATXN7L3 est essentielle pour le développement embryonnaire. Pour avoir un meilleur aperçu de la fonction d’ATXN7L3, nous avons effectué des expériences de différentiation de mESC en l’absence d’ATXN7L3. Nous avons observé qu’ATXN7L3 promeut la différenciation des mESC en cardiomyocytes, mais pas en précurseurs de l’ectoderme neural. De ce fait, ATNX7L3 pourrait fonctionner de manière tissue-spécifique. En outre, nous avons effectué des analyses transcriptionnelles et ChIP-seq de mESC Atxn7l3-/-. De façon inattendue, les niveaux de H2Bub1 sont significativement plus élevés dans le corps de l’ensemble des gènes transcrits en l’absence d’ATXN7L3. Cependant, l’occupation de l’ARN polymérase II sur l’ensemble de ces gènes ne varie que modestement dans ces cellules Atxn7l3-/-. Ainsi, la déubiquitination de H2Bub1 ne régule pas directement la transcription par l’ARN polymérase II de l’ensemble du génome.

The deubiquitylation module of SAGA is required for the removal of mono-ubiquitin from histone H2B. Here we investigated the role of SAGA deubiquitinase module in transcriptional regulation. We found that Atxn7l3 is essential for embryonic development. To get better insight into ATXN7L3, we carried out mESC differentiation assays. Our results showed that ATXN7L3 promoted the differentiation of cardiomyocyte cells, but not ectoderm neural precursor. Thereby, ATXN7L3 might function in a tissue-specific manner. To understand the molecular mechanisms underlying these phenotypes, we performed transcriptomic and ChIP-Seq analyses from Atxn7l3-/- mESC. Unexpectedly, although H2Bub1 levels significantly increased in the gene body of every expressed gene, the genome-wide occupancy of Pol II was only modestly changed in Atxn7l3-/- mESCs. Thus, H2Bub1 deubiquitination did not directly regulate global Pol II transcription.