Transcription reactivation kinetics and chromatin structure reorganization after mitosis

Cinétique de réactivation de la transcription et réorganisation de la structure de la chromatine après la mitose

• Auteur / Autrice : Sergio Sarnataro
• Direction : Nacho Molina
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bioinformatique et biologie des systèmes
• Date : Soutenance le 05/06/2020
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Thomas Sexton
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Nacho Molina, Thomas Sexton, Michael Stadler, Mihaela Zavolan
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Michael Stadler, Mihaela Zavolan

Mots clés

Mots clés contrôlés

Analyse des données

Séquençage des acides nucléiques

Transcription génétique

Chromatine

Mitose

Bioinformatique

Mots clés libres

Organisation tridimensionnelle de la chromatine

Régulation de la machinerie transcriptionnelle

Hi-C

RNA-Seq

Mitose

Three-dimensional organization of chromatin

Regulation of the transcriptional machinery

RNA-Seq

Hi-C

Mitosis

Résumé

Dans cette thèse, nous avons tenté de découvrir le lien existant entre l'organisation tridimensionnelle de la chromatine et la régulation de la machinerie transcriptionnelle, en combinant des analyses informatiques et la modélisation mathématique de données provenant d'expériences à haut débit telles que le RNA-Seq et le Hi-C. Ces recherches visent principalement à mettre en évidence les principaux régulateurs responsables de la réactivation de la transcription à la sortie de la mitose, et à identifier les facteurs les plus importants de la réorganisation structurelle de la chromatine dans le cycle cellulaire.

In this thesis, we tried to uncover the existing link between the three-dimensional organization of chromatin and the regulation of the transcriptional machinery, by combining computational analyses and mathematical modeling of data from high-throughput experiments, such as RNA-Seq and Hi-C. In particular, the aims of this research are to reveal the key regulators responsible for the reactivation of the transcription exiting the mitosis, and to infer the most important factors driving the structural reorganization of the chromatin through the cell-cycle.